Otvorili ju a našli Žofiino telo neporušné, len farba pokožky bola tmavšia.
To, že sa Žofiino telo zachovalo v pomerne dobrom stave i po polstoročí, sa pripísalo vhodnému prostrediu krypty, v ktorej nebohá odpočívala. Roku 1797 dal Ján Ilešházi obliecť Žofiino telo do pozláteného rúcha a umiestnil ho do novej drevenej rakvy s podstavcom. Na podstavec nechal okrem iného napísať aj svoje funkcie Trenčianskeho a Liptovského župana, ako i dátum renovácie.
Rozbor Žofiiných ostatkov vykonalo niekoľko odborníkov v rôznych časových intervaloch. 1727 to bol gróf ,lekár a egyptológ Alexander Karoly, v roku 1843 lekár a historik Ágoston Balogh, ktorý sa podujal aj na patologický výskum. Svoje poznatky publikoval roku 1891 :
„ Telo nebohej nie je čierne, ale hnedasté a je bez najmenšieho kazu. Hoci je mŕtva už dlhší čas, jej telo je pružné, akoby zomrela nedávno. Napriek všetkým skutočnostiam danej logiky a poznanej praxe, ťažko mi vysvetliť príčiny tohto stavu. Iba nos a pery má mierne práchnivé. Keď som stlačil prstom tie časti tela, kde je veľa mäsa, ako napríklad na zadnej časti, priehlbina sa znovu vyrovnala. ...Keby sa niekto chcel odvolávať na to, že jej telo sa zachovalo len preto, že sa v okolí nachádzala kalciová, tzv. vápenitá pôda, toto tvrdenie neobstojí. Podrobným skúmaním sa dokázalo, že v krypte boli pochované aj ďalšie telá zo staršieho i mladšieho obdobia, a všetky mŕtvoly spráchniveli...“.