Jeho anatomické demonštrácie navštevovalo viac ako 500 účastníkov, často veľmi významné osobnosti. Vesalius predviedol dôslednú anatomickú pitvu, každý krok na mŕtvole súčasne vysvetľoval a učil, čo bola tom čase novinka. Od toho obdobia sa dátuje začiatok modernej anatómie.
Po dokončení diela De humani corporis fabrica v Bazileji sa vrátil do Padovy, kde však zistil, že univerzita, pre ktorú predtým usilovne pracoval, sa stala centrom opozície voči nemu. Napádali ho jeho predtým verní priatelia a žiaci, ochrancovia Galena sa v snahe očierniť veľkého anatóma, spojili proti nemu. Znechutený Vesalius odišiel do Bologne a neskôr odmietol aj miesto v Pize. Unavený z očividne márneho úsilia, chorý zo sporov a argumentov, prenasledovaný členmi vlastnej profesie, v záchvate zlosti hodil svoj rukopis do ohňa a skončil kariéru vedca. Takto zničil obrovské množstvo komentárov o Galenovi, celú knihu lekárskych výrazov, veľa originálnych zápisov o liekoch a množstvo poznámok, ktoré písal počas pitiev, ako aj poznámky, ktoré zachytávali porovnanie vedomostí Arabov, Grékov a iných.
Andreas Vesalius prijal menovanie za osobného lekára cisára Karola V. Neskôr bol v službách jeho syna Filipa II., s ktorým odišiel do Španielska a usadil sa v Madride. Bol veľmi slávny, bol známy ako lekár – chirurg, bol obľúbencom španielskeho dvora, zhromaždil majetok a mal zdanlivo predurčené stráviť posledné dni vo svojom obľúbenom prostredí. Žiarlivosť a závisť madridských lekárov, ako aj mnohých členov jeho profesie, ktorí ignorovali jeho nadanie a neustále ho považovali za cudzinca, ho veľmi trápilo. Počas 20 rokov, čo vykonával funkciu osobného lekára, jeho skalpel hrdzavel, kontroverzné uznania neomylnosti Galena zúrilo ďalej. Život na španielskom dvore nebol priaznivý pre štúdium a vedu.
Náhodne, na začiatku roku 1564, z príčiny, ktorá nebola nikdy dostatočne vysvetlená, opustil Andreas Vesalius Madrid. Odcestoval do Benátok, odkiaľ sa vydal na púť do Jeruzalema, do Svätej zeme. Vesalius sa z tejto cesty nikdy nevrátil. Správa o jeho smrti zasiahla Brusel koncom roka 1564. Taký bol nešťastný koniec Andrea Vesalia z Bruselu-muža, ktorý skôr ako dosiahol 30 rokov života, sa stal najväčším anatómom, akého kedy svet videl.