Plány na náhrobok zahrňujú 40 sôch v životnej veľkosti, samostatné jeho rozmery majú byť 6,9 x 10,8 x 7,2 metrov. Michelangelo sa ihneď s nadšením púšťa do práce. Pápež však náhle mení svoje plány, chce najskôr vybudovať pre svoj náhrobok dôstojné sídlo. Práca na samotnom náhrobku je odložená na neurčito a Michelangelo sa marne snaží získať audienciu u pápeža. Nakoniec je násilne vojakmi vyhodený z paláca a uteká z Ríma do Florencie. Ďalšie dva roky musí Michelangelo podľa rozkazov pápeža tráviť v Bologni, kde pracuje na drobných projektoch podľa zmluvy. Jeho nudná a nezaujímavá práca sa mu nepáči a tajne dúfa v návrat do Ríma. V roku 1508 sa mu jeho prianie splní. Jeho novou monumentálnou úlohou je vyzdobiť strop Sixtínskej kaplnky. Michelangelo, ktorý si vždy zakladal na tom, že bol výhradne sochárom, sa teda musí učiť freskárstvu. Nadšený novou úlohou, odpúšťa pápežovi roky strávené v Bologni. Pápež v úžase nad jeho tvorivosťou a elánom, často navštevuje kaplnku a radí Michelangelovi, ako riešiť koncepcie postáv a farieb. Michelangelo ma v kaplnke voľnú ruku, môže pracovať na čomkoľvek chce. Začína maľovať biblické scény od východnej strany kaplnky v opačnom chronologickom poradí z Biblie. Viac ako 300 figúr na strope je konečne dokončených 31.októbra 1512. Dokonale zachytávajú pohrúženie sa do duchovného života a intuície, zoznamujú diváka s témami lásky a obete. Michelangelovi sa v Sixtínskej kaplnke podarilo zosobniť dynamiku božského ducha, ktorý jeho postavy používal ako sprostredkovateľov s komunikácii s ľuďmi. Zakrátko po dokončení Sixtínskej kaplnky v roku 1513 pápež Julius II. zomiera. Po jeho smrti Michelangelo podpisuje s jeho

pozostalými novú dohodu na náhrobok - má byť menší ako v pôvodných plánoch. Novým pápežom je zvolený Giovanni de´Medici (Leo X.). Giovanni býval s Michelangelom v rovnakom dome v rokoch 1489 až 1492, poznal dobré možnosti talentu Michelangela, chcel plne využiť jeho schopnosti vo svoj prospech a zamestnáva ho teda v rokoch 1513 až 1534. V roku 1516 je Michelangelo tak zaneprázdnený prácou pre pápeža, že musí podpísať novú zmluvu s dedičmi Julia II. na ešte menší náhrobok než v predchádzajúcej zmluve. V roku 1525 a 1532 podpisuje ďalšie zmluvy, zakaždým na menší a menší náhrobok s menším počtom sôch. Leo X. Michelangelovi nikdy nedovolil plne sa venovať práci, ktorá mu nebola zadaná priamo ním a tak Juliov náhrobok nakoniec zostáva len so šiestimi figúrami nedokončený. V roku 1515 Leo od Michelangela žiada, aby začal budovať kaplnku San Lorenzo.