Narodil sa 26. augusta 1829 v srbskom Novom Sade v rodine P. J. Šafárika. Základy šk. vzdelania získal od otca, domácich učiteľov, predovšetkým V. Tomek, ktorý sa stal jeho starším priateľom na cely život. V rokoch 1839-1845 Vojtech Šafárik študoval na 6-sťotriednom pražskom Akademickom gymnáziu. Potom absolvoval dva ročníky štúdia na filozofickej fakulte pražskej univerzity. Roku 1847 sa rozhodol, že vraj pod vplyvom J. S. Presla a K. S. Amerlinga pre jednoodborové štúdium chémie u profesora lekárskej fakulty pražskej univerzity Jozefa Redtenbachera, ktorého asistentom sa v tom čase stal Bernard Borivoj Quadrat. Quadrat v rokoch 1847-1848 dokončoval experimentálnu pracú o kyseline kyanoplatnatej a jej soliach. Pokračovateľom v tejto jeho práci, ale aj s vlastným predmetom chemického výskumu a neskôr aj v oblasti užívania českého chemického názvoslovia sa stal Vojtech Šafárik, ktotý v roku 1849 v Redtenbacherovom laboratóriu tak isto začal pracovať na problematike kyanoplatnatanou. V priebehu roku 1850 sa B. B:Quadrat stal profesorom chémie na práve založenej nemeckej technike v Brne. Od november 1850 do júla 1851 u neho študoval i Vojtech Šafárik , ktorý tu pokračoval na svojej práci o kyanoplatnatanoch. V rokoch 1856-1858 Vojtech Šafárik študoval v Nemecku. Najprv prírodné vedy na berlínskej univerzite a druhý rok na univerzite v Gottingene, kde pracoval v slávnom laboratóriu Friedricha Wohlera. Mimo to sa v Wohlerovom laboratóriu Šafárik zaoberal štúdiom organokových zlúčenín a výsledkom bola príprava ethylmagnezia, prvej organickej zlúčeniny horčíka. V novembri 1851 V. Šafárik nastúpil miesto zastupujúceho profesora chémie v Prahe. Ešte pred nástupom do Prahy bol V. Šafárik poverený úlohou vytvoriť české chemické názvoslovie. V júny 1851 zložil P. J. Šafárik, z poverenia ministerstva kultúry a vyučovania, zvláštnu komisiu , ktorá mala pripraviť nemecko-český slovník vedeckého názvoslovia. Do tejto skupiny patril aj V. Šafarik. Tvorba českého názvoslovia bola jedným z najťažších úloh komisie. V. Šafárik nechcel ovplyvniť pokusy o vytvorenie „čiste českého“chemického názvoslovia, ktoré podnikali na začiatku 50-tich rokov 19. storočia K. S. amerling a F. S. Kodym. V. Šafárik využíval neobyčajnú bohatosť češtiny na prípony prídavných mien, avšak mal kritický postoj k puristickým snahám po dôslednom počešťovaní názvov a značiek prvkov.