Aby názov zlúčeniny priamo vyjadroval jej kvantitatívne zloženie, zvolil pre rôzne ekvivalentové pomery rozličné prípony pre pomer ekvivalentov. 2:1-ičnatý, 1:1-natý, 2:3-itý, 1:2-ičitý, 1:3-ový, 1:4ičitý, 1:5-ičný, 1:7-istý, napr. Nao-kyslicník sodnatý. Takto upravené chemické názvoslovie po prvýkrát uverejnil v Nemecko-českom slovníku vedeckého názvoslovia, ktorého vydaním v roku 1853 bola ukončená činnosť komisie vedenej P. J. Šafárikom. Podrobný výklad českého chemického názvoslovia uverejnil V. Šafárik v spise „Základové chémie čili lučby“, ktorý vyšiel v roku 1860. Šafárikom dotvorená česká nomenklatúra plne vyhovovala do tej doby, pokiaľ sa chemické zloženie anorganických látok vyjadrovalo ekvivalentami. Takto upravene názvoslovie platilo vyše 50 rokov, až do roku 1918 kde sa prijala reforma Sommer-Baťkova a Votočkova, ktorý názvoslovie opreli o formálne zloženie oxidov. V. Šafárik sa zúčastnil príprav na vydávanie českého prírodovedeckého časopisu Živa a v rokoch 1854-1855 v Žive publikoval viac článkov. Okrem toho sa V. Šafárik venoval prekladateľskej činnosti, napr. V roku 1855 publikoval výťah zo spisov nemeckého fyzika a fysiologa Hermanna Helmholtza „o zachovaní síly“a „o vzájemném púsobení prírodních síl“z rokov 1847 a 1854. V 1855 bol uzatvorený konkordát medzi monarchiou a katolíckou cirkvou a V. Šafárik ako protestant bol zbavený miesta zastupujúceho profesora v Prahe od apríla 1856. V októbri 1859 opúšťa republiku a nastupuje miesto profesora chémie na súkromnej obchodnej akadémii vo Viedni, no nie s veľkým nadsením. Túto skutočnosť nezmenilo ani vydanie Šafárikovej obsiahlej učebnice „Základové chemie čili lučby“v Prahe 1860. “Základy chemie“ sú výsledkom dlhotrvajúcej práce. O ich vydanie V. Šafárik dlho márne usiloval. Až po pokorných intervenciách P. J. Šafárika sa v roku 1858 rozhodla knihu vydať Matice česká. Pri koncipovaní knihy V. Šafárik vychádzal z príručky francúzskeho chemika Henriho Viktora Regnaulta. Začiatkom 60-tich rokov bol pre V. Šafárika jedným z najťahším obdobím života. V júny 1861 zomrel P. J. Šafárik a už v priebehu roku 1861 musel V. Šafárik, pre zlý zdravotný stav, opustit miesto profesora chémie na viedenskej obchodnej akadémii. V jeseni 1864 sa presťahoval z Viedne do Prahy. Redigoval časopis Múzea Kráľovstva českého, publikoval niektoré rukopisy svojho otca a v polovici roku 1865 sa stal aspoň skriptorom knižnice pražskej polytechniky. V septembri 1865 sa oženil s dcérou ruského statkára Nadežnou Trofimovou.