Polytechnika mu neumožnila , aby si osobne mohol prevziať doktorát filozofie, ktorý mu v roku 1867, na základe disertacie o zlúčeninách vanádu, udelila univerzita v Gottingene. Na svojom prvom zasadaní v 1869 sa profesorský zbor české polytechniky jednohlasne dohodol na návrhu, aby riadna profesúra všeobecnej a analytickej chémie bola udelená bez vypísania konkurzu V. Šafárikovi, ktorý po úmrtiach mnohých profesorov už v tom čase suploval české prednášky z všeobecnej a analytickej chémie. Prednášky V. Šafárika patrili podľa vzpomienok poslucháčov k najsilnejším zážitkom ich vysokoškolského štúdia. Predstavu o Šafárikových prednáškach si môžeme spraviť z jeho nedokončeného „Rukovieti chemie pro vysoké učení české“
Roku 1872 sa V. Šafárik stal redaktorom Zpráv Spolkú chemikúv českých, ktoré dva ročníky vyšli v rokoch 1872-1875. Na jeho „Zprávy“ nadväzovali Listy chemické. Roku 1878 zomrela Šafárikova prvá manželka. V roku 1880 sa znova oženil a jeho manželkou sa stala Paulina Kráľova. Od polovice roku 1880 bol jedným z členov komisie profesorského zboru, ktorý mal podať návrhy na stavbu „chemického domu“ polytechniky. Dna 28. februára 1882 prijala poslanecká snemovňa ríšskej rady zákon o rozdelení pražskej univerzity na univerzitu českú a nemecku. A už 7, marca 1882 bol V. Šafárik menovaný riadnym profesorom chémie na českej univerzite Karlo-Ferdinandovej v Prahe. Chemia, podobne ako ostatné prírodne vedy, bola až do roku 1920 na českej univerzite vyučovaná v rámci filozofickej fakulty. V. Šafárik na univerzite prednášal všeobecnú, anorganickú, organickú a farmaceutickú chémiu. Pre českú univerzitu V. Šafárik napísal jednu z prvých tisknutých učebníc. Koncom roku 1884 totiž vydal svoju poslednú obsiahlu učebnicu „Počatkové chemie“. V druhej polovici 80-tych rokov sa V. Šafárik venoval už len astronomii, kedže jeho manželka bola presvedčená, že jeho pravým vedeckým poslaním nieje chémia, ale astronomia. V roku 1890 požiadal, aby bol zbavený povinností profesora chémie a menovaný profesorom deskriptívnej astronomie. V roku 1892 bolo žiadosti vyhovené. Roku 1896 bol V. Šafárik na vlastnú žiadosť poslaný do penzie a 2. júla 1902 po dlhej chorobe zomrel.