Sám Julius Robert Mayer zostal pohrúžený do prác a svojom objave a nevšímal si búrlivých súčasných udalostí. Príbuzný ho považovali za čudáka.
Pri obrane prvenstva sa začalo proti Mayerovi štvať zo strany miestnych učencov. Dokonca mu odmietli vytlačiť jeho práce. Toto a k tomu nedobré vzťahy v rodine, kde už dlhšie pozorovali jeho nie vždy normálne správanie, vyvolali nervovú poruchu, ktorá v roku 1850 viedla aj k pokusu o samovraždu. Vyskočil z okna a po niekoľkých mesiacoch liečenia zostal celý život chromý. V jeseni roku 1851 Mayer ochorel na zápal mozgu a po chorobe ho príbuzní dali do ústavu choromyseľných, neskôr do psychiatrickej nemocnice sa strašným denným režimom, kde strávil celý rok v hroznom telesnom i duševnom utrpení. Keď ho v roku 1853 prepustili, zostal celkom zabudnutým. Dokonca sa rozšírila správa, že zomrel v ústave pre choromyseľných.
V roku 1862 sa Mayer pokúsil vrátiť znovu k vedeckej činnosti. Jednako posledné roky života už nič podstatného nepridali k jeho bádateľskej práci.
Na obranu Mayerových vedeckých zásluh vystúpili niektorý vedci (Liebig, Tyndall, Clausius) až po rok 1850. Mayerove životné dielo ocenil aj Helmholtz. V príspevku o vzájomnom pôsobení síl prírody píše: „Prvý správne pochopil a formuloval zákon zachovania energie nemecký lekár v Heilbronne Julius. Robert Mayer v roku 1842“. V roku 1858 Mayera zvolili za čestného člena Bazilejskej spoločnosti prírodovedného výskumu.
V roku 1867 vyšli zobrané práce Mayerove Die Mechanik der Wärme in Gesamelten Schriften von Robert Mayer.
Vedecké zásluhy Juliusa Roberta Mayera ocenil aj Engels v Dialektike prírody. Engels napísal: „Kvantitatívna stálosť pohybu bola vyslovená už Descartom, a to takmer v rovnakom vyjadrení ako teraz (Clausiom a R. Mayerom). No premena formy pohybu bola objavená až v roku 1842, a práve toto, a nie zákon kvantitatívnej stálostí, je nové“.
Julius Robert Mayer zomrel 20. marca 1878. .