Vladimíra Clementisa, ktorého bratislavská kancelária v tom čase slúžila – obrazne povedané – ako sekretariát zakázanej komunistickej strany.
V jeho politických ambíciach ho podporovala manželka Magda, s ktorou sa v septembri 1938 oženil.
Po utvorení ilegálnej KSS v máji 1939, ktoré si vynútila situácia po vzniku Slovenského štátu, sa stal členom vedenia jej mestskej organizácie v Bratislave.
Gustáva Husáka 9. novembra 1940 „dodali“ spolu s asi 100 ďalšími komunistami do koncentračného tábora v Ilave. 28. novembra bol podmienečne prepustený a odovzdaný orgánom ÚŠB, ktoré ho previezli do Bratislavy. Keď 22. júna 1941 nacistické Nemecko napadlo Sovietsky zväz, Gustáv Husák sa spolu s ďalšími 600 komunistami a sympatizujúcimi ocitol opäť v Ilave. Dôvodom bolo konfinovanie v dobe mimoriadnych opatrení.
22. mája 1942 bol zatknutý pracovníkom ÚŠB, pretože bol podozrivý z protištátnej činnosti. Gustáv Husák sa opäť dostal na slobodu, hoci celý prípad, ktorý mal súdne riešiť Krajský súd v Bratislave, ešte neuzavreli. Oslobodzovací rozsudok bol vynesený až 13. novembra 1943, teda v čase, keď ako 30-ročný bol už niekoľko mesiacov – spolu s Karolom Šmidkem a Lacom Novomeským – členom V. ilegálneho ústredného vedenia KSS.
Mal významný podiel na vytvorení vrcholného celonárodného odbojového centra – Slovenskej národnej rady. Bol spolutvorcom programu, ktorý prijala a ktorý vošiel do dejín ako Vianočná dohoda z roku 1943. * (V tomto dokumente sa „ideové smery na Slovensku, ktoré i po 6. októbri 1938 zotrvali v zásadách protifašistickej demokracie a viedli aktívny odpor proti politickému, hospodárskemu a kultúrnemu znásilňovaniu slovenského ľudu,“ dohodli ozbrojeným ľudovým vystúpením zvrhnúť ľudácky režim na Slovensku, obnoviť Československú republiku ako jednotný, ľudový a demokratický štát, v ktorom sa budú spravodlivo riešiť ekonomicko-sociálne požiadavky pracujúcich a na princípe rovný s rovným aj vzťahy medzi Čechmi a Slovákmi. Programová platforma Slovenskej národnej rady určovala, že nové Česko-Slovensko sa bude zahraničnopoliticky a vojensky opierať o spojenectvo a priateľstvo so slovenskými národmi a štátmi, najmä so Zväzom sovietskych socialistických republík.)

Svojím vzdelaním, obratnosťou v získavaní politických priateľov i schopnosťou reagovať na aktuálne politické otázky, sa výrazne odlišoval od väčšiny komunistických funkcionárov.
Počas 2. svetovej vojny sa stal odporcom klerofašistickej Slovenskej republiky a členom hnutia odporu, ktoré vyústilo do Slovenského národného povstania. Bol hlboko presvedčený, že ideály, za ktoré slovenský národ vystúpil v SNR a český ľud v májových dňoch roku 1945, sa budú postupne uskutočňovať.
V rokoch 1946 – 1950 pôsobil na čele Zboru povereníkov, ktorého činnosť nasmeroval proti Demokratickej strane.
V roku 1951 bol zatknutý, obvinený z buržoázneho nacionalizmu a v apríli 1954 bol odsúdený na doživotné väzenie.