On nehovorí o príchode konca výskytu udalostí, veľkých a vážnych, ale o konci histórie: históriu rozumie ako jednotlivý, súvislý, vývojový proces, ktorý berie do úvahy skúsenosti, zážitky všetkých ľudí v každom čase. Toto ponímanie histórie sa najviac spája s Hegelovým chápaním. Myšlienka, že sa ľudstvo ocitlo na konci dejín, pretože neexistujú životaschopné alternatívy voči trhovej ekonomike a liberálnej demokracii, vyvolala búrlivé diskusie. Preto Fukuyama vydal v r. 1993 knihu "The End of History and Last Man" (Koniec dejín a posledný človek).

Podľa Fukuyamovej nematerialistickej dialektiky je historický proces hnaný 2 silami: rozvojom modernej prírodovedy a bojom o uznanie. Moderná prírodoveda ako jeden z dvoch regulátorov historického vývoja totiž podmieňuje proces industrializácie a celkovú dynamiku modernej ekonomiky. Moderná ekonomika si následne vynucuje homogenizáciu ľudstva, a to v podobe globálneho rozšírenia kapitalistickej trhovej ekonomiky čiže princípov principů ekonomického liberalizmu. Druhý regulátor - boj o uznanie - zaručuje spätosť procesu ekonomickej homogenizácie ľudstva s globálnym rozšírením liberálnej demokracie. Fukuyama dôrazne pripomína, že liberálna demokracia je síce v súlade s kapitalistickým priemyselným rozvojom (kapitalizmom), ale medzi týmito dvoma fenoménmi neexistuje nevyhnutná súvislosť. Ekonomické interpretácie histórie sú nekompletné a neuspokojivé, pretože človek nie je jednoducho ekonomickým živočíchom. Obzvlášť tieto interpretácie nevysvetlia, prečo sme skutočne demokratmi, zástancami populárnych princípov suverenity, garancie základných ľudských práv a pod. Treba zohľadniť i ďalšie aspekty ľudskej motivácie (náboženské, ideologické, politické, psychologické atd.). V tretej časti sa pokúša odhaliť celého človeka, nielen jeho ekonomickú stránku. Tu sa opäť obracia na Hegla – podľa neho sú ľudia ako zvieratá, majú svoje prirodzené potreby a túžby. Striktne však oddeľuje človeka od zvierat – človek chce byť uznaný ako ľudská bytosť s určitou cenou alebo dôstojnosťou – preto napr. riskuje svoj život v snahe očistiť svoju prestíž. Jedine človek je schopný prekonať jeho najzákladnejšie animálne inštinkty – na čele stojí pud sebazáchovy – kvôli vyšším, abstraktným princípom a cieľom. Myšlienka konca Histórie figuruje aj u Hegla alebo Marxa. Fukuyama píše: „Hegel videl .. víťazstvo ideálov Francúzskej revolúcie a bezprostrednú univerzalizáciu stavu zahŕňajúceho princípy liberálnej demokracie.“ Fukuyamove stanovisko – zdá sa, že súčasný svet potvrdzuje, že fundamentálne princípy socio-politickej organizácie sa od roku 1806 veľmi nerozvinuli. Jeho postoj ku koncu Histórie je však ambivalentný.