Inšpirovaný Balzacovou Ľudskou komédiou, koncom šesťdesiatych rokov zamýšľa napísať sériu asi tridsiatich románov, ktoré by tvorili veľký cyklus, pomenovaný Rougonovci – Macquartovci, biologická a spoločenská história rodiny v období Druhého cisárstva /Rougon-Macquart, histoire naturelle d’une famille sous le Second Empire/. Do tohoto cyklu zaraďuje autor diela ako Kariéra Rougonovcov, Jeho Excelencia Eugene Rougon, Korisť, Brucho Paríža, Peniaze, Pasca, Germinal, Zem.
V tomto cykle chcel podať všestranný obraz života francúzskej spoločnosti v druhej polovici 19. storočia. Ústrednými postavami sú členovia rodiny Rougon-Macquartovcov, ktorí boli dedične zaťažení následkami alkoholizmu a neurasténie. Svoje romány Zola však zaľudnil aj množstvom postáv a postavičiek zo všetkých spoločenských tried, čo mu umožnilo preniknúť do rôznych spoločenských prostredí a podať tak naozaj mnohostranný obraz francúzskeho života. Zolov teoretický postoj k otázkam umeleckej tvorby a spoločenského vývinu zapríčiňuje, že autor neraz upadá do chýb a omylov. Zatiaľ čo Balzac vo svojich dielach podával dôsledne pravdivé – teda realistické obrazy života, pretože sa sústredil na zachytávania typických javov za typických okolností, Zola veľa ráz skĺzne z cesty realistického zobrazovania skutočnosti, pretože sa sústreďuje na javy spoločensky netypické, celkom výnimočné a výstredné. Preto sú jeho diela plné ľudí, ktorí sú zaťažení nejakou duševnou chorobou, preto sa s takým záujmom venuje opisovaniu psychopatologických prípadov a preto jeho hrdinovia natoľko podliehajú slepej sile svojich animálnych pudov a vášní. Táto okolnosť súvisí aj s tým, že Zola, zanietený za výsledky súčasnej prírodovedy, najmä biológie, chcel jej závery celkom mechanicky prenášať na človeka a na život celej ľudskej spoločnosti. No tu práve podľahol nesprávnemu, idealistickému učeniu o dedičnosti, ktoré v tom čase šíril najmä reakčný nemecký biológ Weissmann. No ani Zolov pohľad na otázku spoločenského vývinu nebol správny. V druhej polovici 19. storočia vstúpil spoločenský vývin vo Francúzsku do obdobia veľkej koncentrácie kapitálu. Balzacove časy, v ktorých robila buržoázia prvé smelé a úspešné kroky k ovládnutiu života v krajine, boli už minulosťou. Teraz už buržoázia pevne ovládala hospodársko-spoločenské a politické pole a dala sa na cestu zakladania veľkých priemyselných podnikov, na cestu zhromažďovania kapitálu do čo najmenšieho počtu rúk veľkých kapitalistov, na cestu neľútostného konkurenčného boja, na cestu vytvárania veľkých monopolov. Zola videl tento vývin, videl aj jeho zhubné následky pre väčšinu francúzskeho národa, ale pokladal ho za osudovú nevyhnutnosť. Preto obrazy zo života pôsobia na čitateľa svojou pochmúrnosťou a fatalistickou beznádejou.