V propůjčené hodnosti podplukovníka vykonával funkci vojenského inspektora na Těšínsku. Po obsazení Těšínska polskou armádou roku 1919 se Šnejdárek stal osobou, která měla Těšínsko zachránit. Nejprve vyzval polského velitele Latinika k vyklizení celého obsazeného území. Po tomto ultimátu začal pochod vojsk na Těšín. Nezkušené polské vojsko se po postupu několika našich praporů začalo stahovat k Visle. Poslední dva lednové dny došlo k bojům o Skoczów. Jen jediný den chyběl našemu vojsku k dosáhnutí Visle a tím i obsazení těšínského knížectví. Vojenská akce byla na nátlak spojenců zastavena. Skvěle si vedl i při boji s maďarskými bolševiky, kdy jako plukovník převzal velení 2.pěší divize. V této demoralizované jednotce udělal několik změn a z ustupující divize se stala divize, která několika překvapujícími útoky dobyla Banskou Štiavnici a vytlačila bolševiky až na okraj Levic. Levicový duch zachvátil i pražskou vojenskou posádku. Proto byl do čela Velké Prahy postaven právě Šnejdárek a energetickým postupem zavedl pořádek. V roce 1920 mu byla propůjčena generálská hodnost. Poté působil jako velitel pěší divize v Trnavě, pak pěší divize v Olomouci a roku 1924 divize košické. Roku 1932 se stal již jako občan ČSR zemským vojenským velitelem v Bratislavě. Pravděpodobně na příkaz náčelníka Hlavního štábu Ludvíka Krejčího byl podán Šnejdárkovi 11. října 1935 návrh na přeložení do zálohy. To zvedlo velikou nevoli u poslanců a senátoru. Z pensionování se stala politická kauza, kterou ukončil kompromisem Masaryk. Šnejdárek byl přeložen o půl roku později, kdy již dosáhl nejvyšší finanční zaopatření. Po pensionování žil v Bratislavě. V době ohrožení republiky se opět hlásil do služby. Po Mnichovu byl postaven do čela paramilitárních Národních střeleckých gard. Je pravděpodobné, že armáda v čele se Šnejdárkem by politickou kapitulaci odmítla. Po okupaci odešel do Francie. Po vypuknutí války se dobrovolně přihlásil k Československému odboji. Jako vojákovi s nejvyšší hodností by mu měla být svěřena významná funkce, což mladší generace nerespektovala. Pád Francie donutil generála k odchodu do severní Afriky. Dne 13. května 1945 generál Josef Šnejdárek umírá. Jeho ostatky byly po padesáti letech uloženy do rodinné hrobky v Napajedlích.