V souvislosti se zabráním oblastí českého pohraničí vzplanulo s velkou intenzitou úsilí o osamostatnění i na Slovensku a Podkarpatské Rusi. Generál Prchala byl, pravděpodobně mimo jiné i pro svou energickou povahu, jmenován velícím generálem Karpatské Ukrajiny a členem vlády Ukrajinské národní jednoty (3. Autonomní podkarpatsko-ruská). Jeho jmenování vyvolalo protesty proti Praze a neklid v zemi. 6. března 1939 jej státní prezident Hácha jmenoval ministerským předsedou další vlády. Od 6. Do 15. března dále ministrem financí, vnitra a dopravy ve 4. vládě. Při obsazování Podkarpatské Rusi honvédy vydal 15. března příkaz k obraně, která se však po třech dnech zhroutila. Generál Prchala se domníval, že německé a protektorátní úřady se postaví proti obsazení. Když seznal, že tomu tak nebude, odešel v květnu 1939 do Polska, kde organizoval svobodné legiony z Čechů a Slováků pro boj proti Hitlerovi a Stalinovi.

17. září, kdy již byla porážka Polska v poli hotova, odejel do Francie, kde se opět podílel na formování našich jednotek. Politicky spolupracoval s M. Hodžou a Š. Osuským, tedy protibenešovským křídlem odboje. V červnu 1940 musel ve své cestě pokračovat - do Londýna. Měl ovšem zásadní rozpory s E. Benešem. Když se tomu konečně podařilo odsunout Hodžu mimo hru, stanul v čele opozice proti jeho (Benešově) koncepci. Beneš jej tedy v říjnu 1940 převedl mimo činnou vojenskou službu. Toto bylo později interpretováno tak, že generál Prchala žil v exilu, pobíral generálský plat a nepodílel se na odboji!

Generál Prchala se stal prezidentem české Národní rady, která zastupovala tu část emigrace, které se nejprve nelíbil Benešův příklon k SSSR a po skončení války odsoudila i postup Benešovy ČSR proti Slovákům a sudetským Němcům.

Lev Prchala se již nikdy do své vlasti nevrátil. Hned v červenci roku 1945 byl za trest zbaven hodnosti armádního generála (pozn.: nyní již bývalý generál se však nedal a u britského soudu si vysoudil hodnost i penzi, kterou mu však oficiálně vzali). Žádost pražské vlády o vydání generála Prchaly britské úřady v roce 1946 odmítly. Lze si představit, co by jej čekalo po roce 1948.

Roku 1950 dlel generál Prchala několikrát v Německu, kde 6. srpna jménem svého Národního výboru uzavřel smlouvu s Pracovní společností na ochranu sudetoněmeckých zájmů ve Wiesbadenu, ve které byl obsažen návrat sudetských Němců do jejich vlasti (českých zemí) uznán spravedlivým a proto označen za samozřejmý.