Samostatně vedl hnutí Národní fronta, které se v roce 1934 spolu s Národní demokracií a Národní ligou sloučila do jedné politické strany, která nesla název Národní sjednocení. F. Mareš zemřel 6. února 1942 v Českých Budějovicích a je pochován v Hluboké nad Vltavou, kde trávil své volné letní dny. Jeho velké syntetické filozofické dílo bylo v roce 1938 těsně před vydáním zabaveno. Mocní se postarali o jeho zatracení a zapomenutí, jak je to ostatně v Čechách zvykem. Jeho idealistické nazírání vyjadřují slova, že pravda není to, co je, ale to, co býti má.

Mezi základní díla F. Mareše patří:
Všeobecná filozofie (1894), kde vyložil pojetí fyziologie.
Idealismus a realismus v přírodní vědě (1901), kde se Mareš přihlásil ke Kantovi, přijímal jeho apriorismus, nesouhlasil však s Kantovým pojetím věci o sobě.
Životní účelnost (1904)
Pravda nad skutečností (1918)
Pravda v citu (1922). Vychází z toho, že podle Mareše citem prožíváme živou pravdu a cítíme ji jako všeobecně platný duchovní řád.
Otázky filosofické, národní a sociální v politice (1923). Je to soubor jeho statí. Tato kniha vyšla podruhé v roce 1997. Kniha výstižně charakterizuje způsob jeho myšlení a přibližuje nám některé problémy prvorepublikové politické scény, z nichž mnohé jsou dnes zvláště aktuální.
Filozofie (1906 – 1929), čtyřdílná kniha, která se u nás stala základní učebnicí na dlouhou dobu.
Psychologie bez duše, zde podrobil kritice materialisticky pojatou knihu Psychologie od F. Krejčího.