Príslušné rezorty prezidetskej administratívy vypracovali a uskutočnili podporno-finančný program, ktorý pre africké krajiny predstavoval dotácie a pôžičky, napr. na stavbu elektrární, priehrad, zavlažovacích systémov, ako aj potravinové dary, dodávky priemyselných a spotrebných tovarov, všetko za podpory mierových zborov, ktoré smerovali do Ghany, Sierra Leone, Maroka, Tuniska či Nigérie. Okrem toho začali na americké univerzity prichádzať africkí študenti. Jednou z hlavných ideových čŕt zahraničnej politiky JFK voči Latinskej Amerike bola politika dobrého susedstva. V tomto duchu bol vypracovaný komplex politicko-vojenských a sociálno-ekonomických opatrení, ktoré mali, podobne ako v prípade Afriky, zabrániť implantácii komunistického režimu v západnej hemisfére. Toto „spojenectvo pre pokrok" JFK predstavil 13. marca 1961 vo Washingtone pred latinskoamerickými diplomatmi a členmi Kongresu USA. Program sa zameriaval na vzdelanie, na malé a stredné podnikanie, pozemkovú reformu, rozvoj infraštruktúry. Nezanedbateľnú úlohu tu zohrala Medziamerická banka pre rozvoj, riadená a financovaná vládou vo Washingtone. Táto pomoc mala ale aj svoju odvrátenú stránku, amerika za cenu udržania si vplyvu v oblasti a z obavy pred komunistami, podporovala, a mnohokrát prostredníctvom CIA aj koordinovala diktátorské režimi, ktoré často veľmi brutálne, zaobchádzali zo svojim obyvateľstvom.
Nosný problém pre JFK z hľadiska zahraničnej politiky teda predstavoval komunistický svet a s ním spojená hrozba nukleárneho konfliktu najmä teda so ZSSR. V skutočnosti väčšinu zahraničnopolitických problémov Kennedy zdedil. Nová situácia si vyžadovala prehodnotenie vojenskej doktríny - stratégia hromadnej odvety bola nahradená stratégiou pružnej reakcie. Dôraz sa začal klásť na budovanie špeciálnych jednotiek, ako aj na rozvoj nukleárnych zbraní. Najväčším medzinárodným ohniskom napätia od konca druhej svetovej vojny bola karibská (kubánska) kríza, ktorá vypukla na začiatku 60. rokov. Režim proamerického diktátora Batistu zvrhla roku 1959 skupina revolucionárov okolo Fidela Castra a nastolila v krajine komunistický režim. Už v marci 1960 schválila vláda prezidenta Eisenhowera návrh špionážnej centrály CIA, podľa ktorého mali byť proti Kube použité jednotky kubánskych emigrantov. Tých vycvičili Američania v Guatemale. Kennedy vedel o tomto projekte, a hoci ho upozorňovali na jeho nereálnosť, nepochopiteľne ho odsúhlasil. Uskutočnenie plánu 17. apríla 1961 v Zátoke svíň sa skončilo fiaskom.