Po ročnom vychovávateľskom pôsobení pokračoval v štúdiu na Univerzite v Jene.

Štúdium na Univerzite v Jene

Pre Jenu sa P. J. Šafárik definitívne rozhodol počas štúdií v Kežmarku, predovšetkým na želanie otca. Hradením študijných nákladov v Jene sa písomným potvrdením zaviazal otec, potešený tým, že aspoň jeden z jeho synou bude kráčať v jeho šľapajách. V Jene býval v jednom dome so Samuelom Ferjenčíkom a Ondrejom Jamriškom, v posledom roku štúdia i s Jánom Benediktim. Žil veľmi skromne, o čom svedčí jeho rozprávanie synovi Vojtechovi. Obdobie po napoleonských vojnách, v ktorom študoval Šafárik v Nemecku, poznamenávala vzrastajúca politická a kultúrna aktivita nemeckej mládeže. Politické ovzdušie na jenskej univerzite sa vyznačovalo slobodnomyseľnosťou a kritičnosťou voči reakčnému a politickému poriadku. Profesori a študenti otvorene a bez obáv vyjadrovali svoje náhľady a formulovali celonemecké požiadavky. P. J. Šafárik sa na podujatiach študentov nezúčastňoval, rešpektujúc Summu akademických zákonov, zakazujúcich účasť v „buršenšaftoch a landsmanšaftoch", ktorú podpísal. V Jene strávil P. J. Šafárik dva roky, skončiac tri semestre. Dňa 16. mája 1816 sa stal členom Societas latina Jenensis. Výsledkom Šafárikovej básnickej činnosti v Jene je sedemnásť básní, napísaných prevažne od októbra 1815 do mája 1816. Vyšli v Hromádkových Prvotinách pěkných umění vo Viedni a získali mu - píše R. Brtáň - zvučné meno v Čechách a na Slovensku. Tri semestre štúdia na univerzite v Jene, znamenali veľký prínos pre P. J. Šafárika v kažnom smere. Predovšetkým prispeli k formovaniu jeho odborného a vedeckého profilu. V Jene si osvojil kritické metódy vedeckého bádania. Tu si získal dôkladnú metodologickú prípravu pre vedeckú činnosť. V Jene si našiel ďaľších priateľov z radov spolužiakov. Z nich Juraj Müller, bývalý vychovávateľ v rodine Kubínyiovcov, poskytol Šafárikovi informácie o tomto východnom mieste, prostredníctvom Samuela Ferjenčíka mohol osobne spoznať J. W. Goetheho a S. Jánom Chalupkom mal spoločné literárno- umelecké záujmy. Z Jeny, s ktorou sa Šafárik lúčil nerád odišiel na začiatku mája 1817 v rukách s vysvedčením vydaným na odchod prorektorom Danzom. Príčiny jeho predčasného odchodu sa vysvetľujú rozdielne: administraatívnych zásahom rakúskej vlády, ktorá nedovolila mladíkom z Uhorska študovať v Nemecku, Šafárikovou obozretnosťou, ale aj finančnou tiesňou. Na ceste do vlasti sa zastavil v Lipsku a v Prahe, kde sa stretol s viacerými českými národovcami (Dobrovským, Jungmannom, Hankom, Presslom, Nejedlým a i.).