V tom čase sa uchádzal o ruku mladej Caroliny Bonaparte. V roku 1800 po druhý raz po Napoleonov boku pokoruje Taliansko a 13.februára 1802 bol menovaný na veliteľa „pozorovacej armády juhu“ a začiatkom augusta sa stal veliteľom Talianskej armády so sídlom v Miláne, kde pôsobil v rokoch 1801 – 1803.

Január 1804 priniesol Muratovi ďalší postup. Stal sa vojenským guvernérom Paríža, veliteľom prvej armádnej divízie a Národnej gardy. Práve cez tieto funkcie sa stal jedným z hlavných účinkujúcich v afére vojvodu Enghienskeho, z ktorého smrti ho v 1815 obvinený a odsúdený. Počas Napoleonovej korunovácie na cisára niesol Murat z hodnosti svojej funkcie korunu cisárovnej Josephine. Následne po korunovácii a vďaka slzavej scéne jeho manželky pred Napoleonom získal Murat hodnosť maršála, stal sa členom rádu Čestnej légie a Veľkého orla, získal čestný titul veľkoadmirála Francúzska a obaja sa stali „cisárskymi výsosťami“ a francúzskym princom a princeznou.

V 1805 sa Murat opäť aktívne zapojil do bojov proti protinapoleonskej koalícii. V auguste 1805 bol menovaný na „generálporučíka cisára veliaceho v jeho neprítomnosti“. Odmenou za účasť na tomto ťažení mu bolo veľkovojvodstvo Berg a Cléves, na ktorého čelo bol dosadený 15.marca 1806. Vo februári 1808 dostal rozkaz odísť na misiu do Španielska, kde zotrval len niekoľko mesiacov, aby v máji tohto roku sa rozhodol medzi Neapolom a Portugalskom, ktoré mu Napoleon ponúkol.

Neapolsko pred nástupom Murata na trón
Bourbonovci v Neapole
Na väčšine talianskeho územia sa v 18.storočí prejavoval stagnácia až úpadok. Tou najzaostalejšou časťou Talianska bol práve juh – čiže Neapolsko. V Neapolsku žilo najchudobnejšie a najzaostalejšie obyvateľstvo v celej západnej Európe, s podobným postavením ako nevoľníci v Rusku. Napriek tejto charakteristike sa v 18.storočí uskutočnili i tu rôzne reformy. Aj Neapol reagoval na nové myšlienky a trendy vo svete – osvietenstvo, Veľká francúzska revolúcia a jej idey. Reformné myšlienky boli však často len módou v šľachtických kruhoch. Reformy nemali celkovo hlbší dosah. V 18.storočí a na začiatku 19.storočia vládla v Neapolsku dynastia Bourbonovcov. V 1759 španielsky infant Karol abdikoval v prospech svojho syna Ferdinanda. Tento sa stal kráľom Ferdinandom IV pre Neapol a Ferdinandom III na Sicílii. Vládol tu v rokoch 1759 – 1806 a po Viedenskom kongrese v 1815 bol opäť reštavrovaný. Ferdinand pokračoval v politike svojho otca, no veľký vplyv na vládu mala jeho manželka, kráľovná Mária Karolína, dcéra Márie Terézie. Kráľovniným obľúbencom bol John Acton, ktorý „ťahal opraty vlády“. Neapolsko bolo kráľovstvom s príbuzenskými vzťahmi prepojené na Francúzsko (sestrou kráľovnej bola Mária Antoinetta) a Rakúsko (cez Máriu Teréziu bola neapolská kráľovná tetou rakúskeho cisára Františka I).

Neapolsko sa do 1806 neustále zúčastňovalo na koaličných vojnách. Do prvej koaličnej vojny (1792 – 1797) vstúpil Neapol na strane Veľkej Británie. V 1798 Ferdinand podpísal dohodu s francúzskym direktóriom, no povzbudený úspechom Nelsona pri Abukire a pod tlakom Márie Karolíny odsadil pápežské územia Ponte Corvo a Benevento i samotné pápežské štáty. Práve týmito akciami sa Neapol zapojil do druhej koaličnej vojny (1799 – 1801) opäť na protifrancúzskej strane. Francúzsko ako odvetu v 1799 obsadilo Rím aj Neapol a Ferdinand musel ujsť na Sicíliu pod ochranu Anglicka. V 26.januára 1799 vyhlásili neapolskí radikáli so súhlasom Francúzska Parthenopskú republiku. V júni 1799 sa už podarilo kráľovským neapolským a anglickým jednotkám obsadiť celý juh Talianska. Mária Karolína v 1805 deklarovala neutralitu Neapola, ale čoskoro sa pridala na stanu protifrancúzskej koalície.

Práve tieto zrady a nestálosť pripravili Bourbonovcov o neapolský trón. Po porážke koalície pri Slávkove a podpísaní mieru v Bratislave, Napoleon zosadil z trónu aj Bourbonovcov v Neapole. Ako dôvody uvádzal, že bourbonská dynastia nemá „ani vernosť, ani česť, ani zdravý rozum“. V deklarácii o konci bourbonskej dynastie použil asi tieto slová : „…zvrhol som z trónu kriminálničku (kráľovnú Máriu Karolínu), ktorá tak nehanebne porušovala všetko, čo muži považujú a dodržiavajú ako posvätné“. Bourbonovci bojovali proti francúzskej nadvláde v Neapole rôznymi prostriedkami. Okrem podpory lúpežníctva v pevninskom Neapolsku to bolo aj zavedenie ústavy v 1812 lordom Bentinckom na Sicílii. Ústava bola vypracovaná podľa anglického vzoru a povolená kráľom Ferdinandom. Tento krok vzbudil v ľuďoch nádej, že niečo podobné by sa mohlo stať aj po reštavrovaní Bourbonovcov v celom Kráľovstve oboch Sicílií, preto sa časť obyvateľstva postavila na jeho stranu a pomohla sa mu vrátiť na trón. No skutočnosť bola iná. Ferdinand po návrate na trón nedovolil žiadnu ústavu a krátka autonómia Sicílie skončila v roku 1816, keď Bourbonovci zrušili ústavu z 1812 a pripojili ostrov ku svojmu kráľovstvu.