Vnútorná politika
Murat bol nezávislejší od Paríža ako Joseph – v jeho vláde bolo menej francúzskych ministrov a členov rady, protestoval proti Napoleonovej kontinentálnej blokáde. I napriek tomu, že feudálny systém bol v Neapolsku zlikvidovaný, pozemková aristokracia bola stále schopná udržať si ekonomickú zvrchovanosť v kraji.

Hoci Joseph zahájil reformu vo finančníctve, štátna pokladňa bola pri nástupe Murata prázdna. Na dokončenie verejných prác, začatých za vlády Josepha, nebolo dosť peňazí.
Preto musel Murat siahnuť do vlastných finančných zdrojov, pokiaľ sa do Neapola nedostavil jeho priateľ a finančný poradca Agar, aby dal financie do poriadku. Francúzske ministerstvo financií žiadalo od Neapola zaplatenie francúzskych vojsk a nedoplatkov prenesených z čias Josepha.

Nový neapolský kráľ vydal hneď na začiatku svojej vlády viacero dekrétov na získanie si sympatií obyvateľstva. Zrušil zákony vydané kvôli kontinentálnej blokáde - zrušil zákony obmedzujúce rybolov, čím získal hlavne prímorské obyvateľstvo. Ukončil vojenské súdy i stav obliehania v Kalábrii. Vyhlásil amnestiu pre všetkých armádnych zbehov. Vyzval politických vyhnancov na návrat do vlasti, ak zložia prísahu vernosti kráľovi. Ich majetok zhabaný za Josepha mal im byť vrátený. Udelil milosť mnohým odsúdeným na smrť za vzburu a oslobodil väzňov odsúdených za menšie prečiny.

Niektorých ministrov zdedil po Josephovi – Salicetti v policajnom rezorte a minister zahraničia San Gallo, iných dosadil zo svojich skúsených priateľov – Agar ministrom financií a mnoho ministrov bolo z Neapola.

Murat ako vojak prejavoval samozrejme veľký záujem o armádu. Po nástupe na neapolský trón však zistil, že Joseph si zobral so sebou do Španielska najlepšie regimenty aj kráľovskú gardu, ktorá sa skladala z Francúzov. Okrem toho mu zostali detašované francúzske jednotky, za ktoré musel Napoleonovi platiť. Jeho námorníctvo pozostávalo z jednej fregaty –Cerera, jednej korvety (ozbrojená jachta), a niekoľkých delových člnov. Neapolským vojakom zvýšil proviant a oznámil vyplatenie nedoplatkov a prideľovanie pravidelného žoldu podľa spravodlivejšej platobnej stupnice. Vytvoril neapolskú kráľovskú gardu a niekoľko nových regimentov. Vrchným veliteľom armády sa stal markíz de Perignon, ako výkonných dôstojníkov ponechal francúzskych generálov .