Podobne ako v iných krajinách pod patronátom Napoleona, bol i v Neapole zavedený Code Napoleon.

V období vlády Murata mal Neapol čiastočne nezávislé postavenie. Opieral sa o umiernených jakobínov, no nepodarilo sa mu presadiť základné zásahy do feudálnej ekonomiky. V tomto období vypuklo mnoho ľudových povstaní zameraných proti francúzskemu daňovému systému. Ich ideovými pôvodcami boli karbonári, ale ani oni nevedeli podať alternatívne riešenie. Karbonári spočiatku spolupracovali s Muratom, ale čoskoro boli prenasledovaní, a tak sa pridali na stranu Bourbonovcov, ktorí v 1812 zaviedli na Sicílii ústavu. Murat sa prikláňal skôr k slobodomurárom.

Problémom v Neapole bolo už od nástupu Josepha na neapolský trón lúpežníctvo.
Tieto bandy boli organizované aj samotnými Bourbonovcami zo Sicílie – podporované kráľovnou Máriou Karolínou i kardinálom Ruffom. Po neúspešnej anglicko – sicílskej akcii v roku 1809, sa povstalci pripojený ku Sicílčanom roztrieštili a stali sa z nich taktiež lúpežníci pôsobiaci v Kalábrii, Basilicate a priľahlých oblastiach. Preto generál Manhés dostal od Murata neobmedzenú plnú moc na potlačenie lúpežníctva. Cesta od Reggia po Neapol bola posiata ľudskými hlavami a údmi. Ale tento obraz sa opakoval aj na Sicílii. Manhés sa mal vysporiadať s lupičmi prostredníctvom vojenských súdov. Zorganizoval rýchle jednotky na sledovanie banditov a používal rovnaké prostriedky ako oni. Pri cestách sa teda objavili šibenice, ktoré mali byť výstrahou.

Murat v Neapole dostal prívlastok „taliansky kráľ“. Tento „titul“ je oprávnený, lebo rovnako ako Joseph, tak aj Carolina a Murat sa snažili so svojimi poddanými komunikovať v ich rodnom jazyku – teda v taliančine. Pre Josepha a Carolinu bola taliančina rodným jazykom, no Murat sa ju naučil až po príchode do tohto kráľovstva (rovnako sa učil ako veľkovojvoda Murat nemčinu). Podobne ako Joseph absolvoval i Murat cesty po svojom kráľovstve, no skôr s vojenským zameraním. Počas týchto akcií vykonával vojenské prehliadky a inšpekcie, ale ostal mu aj čas na predstavenie prominentných občanov a ich vypočutie.

Od roku 1811 sa Murat častejšie prikláňa na proitalskú stranu. Nechcel síce slobodnú a spojenú Itáliu ako taliansky liberáli, no nechcel byť vazalom Napoleona. Preto uvažoval o protifrancúzskom spojenectve, za ktoré požadoval uznanie seba za hlavu nového Talianska. Rozširoval počet svojich vojakov (ktorí sa neskôr stali základom národnej gardy Talianska) a nadväzoval kontakty s tajnými liberálnymi organizáciami, ktoré sa snažili o národnú jednotu. V 1809 sa stal Murat veľmajstrom francúzskej slobodomurárskej lóže v Neapole. Cez svojho policajného veliteľa nadviazal kontakt aj s karbonármi.

Počas Muratovej neprítomnosti v Neapole v 1812 – 1813 sa stala regentkou Carolina. No dôležitejšie záležitosti musela posielať na prerokovávanie do Ruska za Muratom. V tomto období sa začínajú prejavovať menšie nezhody i medzi kráľovským párom. Po návrate z Ruska Neapolčania vítali svojho kráľa stále s jasotom.