V období po porážke Napoleona pri Lipsku žiadali karbonári od Murata schválenie ústavy. Túto možnosť odmietol, a tak poklesla jeho podpora verejnosťou. Práve tento akt mu mohol zabezpečiť neapolský trón a jeho vládu by podporovali široké masy.

Keď sa rozhodol prijať ústavu, bolo pre neho neskoro.

Po reštavrácii Bourbonovcov boli mnohé reformy prevedené za francúzskej nadvlády nad Neapolom (hlavne administratívne a súdne) zachované.

Zahraničná politika
Prvým výbojom Murata bol pokus o vylodenie na Capri, kde sa za panovania Josepha usídlili Bourbonovci. Murat vydal rozkaz na nalodenie 2.10.1808. Na obchodovanie v prístave bolo vydané embargo. 16.10.1808 sa anglicko – sicílska posádka kvôli nedostatku potravín vzdala.

V rámci novej vojny s Rakúskom v roku 1809 Napoleon nepovolal Murata do jeho niekdajšej pozície, ale zveril mu obranu Itália a poveril ho obsadením Ríma. Murat bol touto malou úlohou sklamaný a do Ríma vyslal jednu divíziu. Počas príprav anexie Pápežských štátov sa dozvedel o možnom útoku Angličanov na Neapol, preto plánovanú akciu zastavil. Napadnutie Kalábrie a niektorých menších ostrovov Sicílčanmi bolo nevydarené. Obrana Neapola sa stala národnou, v ktorej bojovali spolu všetky spoločenské vrstvy.

V novembri 1809 sa požiadavky Francúzska na neapolské dávky znížili a Napoleon povolil Muratovi zorganizovať francúzsko – neapolskú výpravu na Sicíliu. Od februára 1810 Murat dopĺňa svoje jednotky o francúzskych dezertérov, ktorým ponúkol zvláštnu odmenu a rýchly postup. Na svadbe Napoleona s Máriou Lujzou (20.3.1810) sa Napoleon s Muratom vážne pohádali kvôli tomuto regrutovaniu. Napoleon žiadal ich okamžitý návrat, lebo vyšle do Neapola svojho francúzskeho generála na prevzatie velenia a Murat bude musieť platiť za všetky francúzske jednotky. Pod týmito hrozbami Murat ustúpil. V tomto období sa bývalá neapolská kráľovná spojila cez Máriu Lujzu s Napoleonom, aby jednala o možnom prerušení spojenectva s Anglickom. Začiatkom mája anglické loďstvo potopilo Neapolu jednu brigu a zvyšok lodí poškodilo. Preto Murat osobne organizuje vojsko na juhu Talianska.

Anglické lode neustále skúmali pobrežie. Napoleon chcel takto odlákať posily pre Wellingtona, ktorý bojoval na Pyrenejskom polostrove. Napoleon cez plukovníka Leclerca chcel donútiť Murata, aby nepodnikol výpad na more. Obával možnej straty Neapola alebo celého Talianska. V tomto období zadržal jeden z neapolských zvedov list kráľovnej Márie Karolíny cisárovnej Márie Lujze. Toto dopomohlo Muratovi, aby za výdatnej pomoci svojej manželky Caroliny, dostal od Napoleona povolenie na začatie výpravy na Sicíliu. Až 17.9.1810 vydal rozkaz na začatie akcie nasledujúcej noci. Časť výpravy sa vylodila pri Messine, ale nebezpečenstvo Angličanov nedovolilo vyplávať aj ostatným. Preto sa ráno časť vylodených vrátila späť do Neapola. Na Sicílii zostal len korzický regiment, ktorý sa musel behom dňa vzdať.