Pri informovaní Napoleona o úspechoch neapolskej posádky na Capri sa Napoleon nahneval, lebo Murat mu svoj úspech oznámil depešou ako zahraničný panovník. Napoleon mu odkázal, že sa má správať ako francúzsky generál veliaci na juhu Talianska a zároveň skritizoval aj dekréty vydané Muratom a žiadal ich zrušenie.

Napoleon zasahoval priamo do vnútorných záležitostí Neapola. Nariadil konfiškáciu majetkov tým Španielom žijúcim v Neapole, ktorí sa nechceli podriadiť vláde Josepha v Španielsku, žiadal odvod týchto konfiškácií do Francúzska. Chcel v Neapole zaviesť Code Napoleon v plnom znení, ale Neapolčania protestovali proti rozvodu.

Napriek tlmočeniu týchto protestov Muratom Napoleon neustále trval na svojom a zakázal všetkým Francúzom vstúpiť do služieb Murata bez jeho povolenia.

Do Neapola vyslal Napoleon na kontrolu neapolského dvora tzv. Čierny kabinet (francúzski policajní zástupcovia). Kontrolou pošty napríklad zistil, že významní politici pokladali Murata za najlepšieho kandidáta na francúzsky trón, ak Napoleon zomrie bez dediča.

Na konci roka 1809 sa začal Napoleon zaoberať rozvodom s Josephine a novým sobášom. Zvolal do Paríža rodinnú radu, na ktorú pricestovali aj Murat a Carolina. Rada zasadala 28.1.1810 v Tuilerie a diskutovala o kandidátkach. Murat preferoval ruskú kandidátku kvôli politickým výhodám a spomenul aj fakt, že manželstvo s Rakúšankou pripomenie Máriu Antoinettu. Bol si vedomý ohrozenia Neapola týmto spojenectvom s Rakúskom. No keď ruský cár pod nátlakom svojho dvora odmietol svadobného spojenie Francúzska a Ruska, Murat nemal žiadnu inú kandidátku. Carolina zase súhlasila s Napoleonom a pod vplyvom Metternicha (ktorý ako veľvyslanec v Paríži bol jedným z jej milencov) s rakúskou kandidátkou. Napoleon poveril Carolinu, aby išla privítať Máriu Lujzu a mala pripraviť všetko potrebné pre novú francúzsku cisárovnú. Sama Mária Lujza sa vyjadrila o neapolskom kráľovskom páre veľmi pozitívne.

Spory medzi Muratom a Napoleonom sa vyostrili pri plánovanej výprave na Sicíliu. Napoleon dal síce Muratovi nejaké francúzske vojsko pod podmienkou, že mu budú veliť skúsení dôstojníci. Z Neapola odvolal francúzskeho veľvyslanca, lebo mu vraj nebola preukazovaná patričná úcta a zároveň podotkol, že predsa Neapol nie je cudzou zemou. Po nezdare tejto výpravy v 1810 sa spor medzi Napoleonom a Muratom ešte rozšíril, lebo Napoleon nariadil svojim vojskám, aby zostali pri Reggiu a ohrozovali Sicíliu. No Murat ich odviedol z tohoto miesta s odôvodnením, že nedokáže ich uživiť na jednom mieste.