Po úteku Luoisa Bonaparte z Holandska a následnom obsadení jeho kráľovstva Francúzskom, začal sa Murat obávať, že na rade je on. Kvôli neustálej Napoleonovej kritike sa Murat častejšie zaoberal myšlienkou nezávislosti neapolského kráľovstva. Napoleon sa sťažoval na slabosť neapolských vojsk v Španielsku, na tajný dovoz anglického tovaru do Neapola. Murat toto samozrejme poprel, no práve na jednej americkej lodi s nákladom zo západnej Indie umožnil Murat Napoleonovmu bratovi Lucienovi útek do Ameriky. V 1811 kolovali zvesti o možnom zosadení Murata, ale aj o rokovaniach Murata s významnými osobnosťami, pri ktorých sa Murat zmieňoval o svojej možnej samostatnosti.
Napoleon nedovolil Muratovi mať vlastné veľvyslanectvo v Petrohrade a vo Viedni, Murat viedol súkromnú a tajnú korešpondenciu s oboma panovníkmi.

V 1811 vydal Murat rozkaz, že všetci Francúzi v jeho službách sa majú stať neapolskými občanmi. Napoleon mu odpovedal, že Neapol je súčasťou cisárstva, a tak si Francúzi môžu kľudne ponechať svoje občianstvo. Odvolal Murata z velenia nad francúzskym vojskom v južnom Taliansku a dosadil tam generála Greniera.

V apríli 1812 mal Murat vyjasniť Napoleonovi celú situáciu osobne. No po varovaní priateľmi, že po jeho odchode z Neapola by francúzske jednotky mohli obsadiť Neapol radšej pod zámienkou ohrozenia Kalábrie zostal v Neapole.

Počas ruského ťaženia sa mal Murat nezhody s generálom Davoutom. Pri Smolensku prosili viacerí velitelia Napoleona, aby ďalej do Ruska nepostupovali. Murat sa vraj pritom hodil pred Napoleonom na kolená. 5.12.1812 zveril Napoleon vrchné velenie nad zvyškom Veľkej armády Muratovi. No v beznádejnej situácii 17.1.1813 Murat predal velenie nad armádou Eugenovi a zo zdravotných dôvodov odišiel do Neapola. Napoleon sa za toto správanie veľmi nahneval a označil Murata za dezertéra. Nesúhlas s jeho odchodom prejavila aj Carolina.

Nezhody s Napoleonom na konci leta a na jeseň 1813 donútili Murata odvolať Cariatiho z Viedne. Ten sa pripojil na rakúsku a ruskú stranu na bojisku. Pri ústupe z Lipska Murat Napoleona sprevádzal po Erfurt, kde ho pod zámienkou zlých správ z Neapola opustil. Chcel sa opäť pridať ku spojencom.

Kráľovský pár – Carolina Bonaparte a Joachim Murat
Carolina a Murat sa po prvý raz stretli počas Napoleonovho prvého ťaženia do Talianska v roku 1797 v Montebello. Pytačky u Bonapartovcov absolvoval Murat dva týždne pred brumairom, keď bola Carolina na prázdninách v Paríži. Napoleon spočiatku váhal kvôli Muratovej povahe a nízkemu pôvodu. Napríklad proti vojenským predpisom sa i na bojisku obliekal do veľmi výrazných uniforiem a chodil ovešaný šperkami. Za túto svoju záľubu si vyslúžil od Napoleona prezývku – „Franconi armády“ (podľa kúzelníka a riaditeľa cirkusu). Jeho zvláštne jednanie vystihuje aj hlásenie pre Napoleona z 1800 : „Manželka generála O´Reillyho je na našom stanovišti. Chovám sa k nej so všetkou zdvorilosťou, ako sa ku krásnemu pohlaviu sluší, hoci je veľmi škaredá.“ No Carolina si chcela vybrať sama a Murat mal podporu aj u cisárovnej Josephiny. Občiansky svadobný obrad sa konal v Monte Fontaine 20.januára 1800. Svedkom Murata bol budúci švédsky kráľ J. B. Bernadotte.

Carolina Bonaparte –Maria Annunziata Buonaparte sa narodila ako posledná z Napoleonových sestier roku 1782. Vraj bola intrigánka, ľstivá a „prešibaná“, ale aj jedna z najctižiadostivejších Bonapartovcov.