Jeho druhý žiak Salai zdedil všetky Leonardove maľby z dielni (taktiež aj Monu Lisu).
Vojenská architektúra
Za svojho pobytu v Ríme navrhol Leonardo tiež veľa obranných prvkov pre hrady a pevnosti pápežskej armády. Cieľom jeho úprav bolo zlepšenie obranyschopnosti objektov voči novým strelným zbraniam, ktoré sa začali používať asi v polovici 15. storočia. Leonardo dáva väčší dôraz na sklon obranných valcov, aby boli schopné odrážať delové gule. Prehodnocuje tiež účel vodných príkopov vo vzťahu k parametrom nových zbraní. Vymýšľa dokonca nový typ valca s polkruhovými výbežkami, ktorý lepšie chráni obranca so strelnou zbraňou a umožňuje lepšie odvádzanie hluku a dymu zo strelného prachu. „Nemôžeme mať väčšiu ani menšiu vládu ako tú nad sebou samými.“

Vedec
Anatómia človeka
Značnú časť svojho života venoval Leonardo štúdiu anatómie človeka. Plánoval dokonca vydanie súborného anatomického spisu, ktorý sa mal skladať z viac ako sto dvadsiatich kníh a tisícich názorných obrázkov. K jeho vydaniu bohužiaľ nikdy nedošlo.
Leonardo získaval vedomosti o stavbe ľudského tela z viacerých pitiev, které často robieval (vraj ich bolo okolo 30). Potom detailne a presne zakreslil a popísal všetky svaly, cievy, kĺby a vnútornosti. Bol však obvinený svojimi odporcami, a tak bol jeho výskum zakázaný pápežom Levom X. Napriek tomu svojým štúdiom výrazne ovplyvnil vtedajšie anatomické a fyziologické názory založené na arabskej tradícii. Leonardo sa ale nezaujímal len štúdiom človeka, ale aj zvieratami a rastlinami. Dospel tak k niektorým zákonom rastu stromov, orientácie rastlín a dalším podobným javom. Život v skratke
• 1452 - Leonardo da Vinci sa narodil 15. apríla 1452 v malom mestečku Vinci v blízkosti Florencie. •1460 – s otcom sa presťahoval do Florencie
• 1469 - začal sa učiť v dielni maliara a sochára Andrea Verrocchia
• 1482 - odišiel do Milána a vstúpil do služieb vojvoda Lodovica Mora z rodu Sforzov (dopis); namaloval portrét Cecilie Gallerani (Portrét dámy s hranostajom), venoval sa jezdeckej soche Francesca Sforzy
• 1495 - dielo Posledná večera (kláštor Santa Maria della Grazie); freska dokončena 1498
• 1499 - Lodovico Moro ušiel na sever a milánskym vojvodom sa stal francúzský kráľ Ludovik XII. S krátkým zastavením v Mantove odišiel Leonardo do Benátok.
• 1500 – návrat do Florencie
• 1502 – Rím - Vstúpil do služieb Caesara Borgii (vojvodca pápežskej armády)
• 1504 – Návrat do Florencie, poznal Monu Lisu, 4 roky ju portrétoval
• 1508 - Návrat do Milána – štúdium anatómie, optiky, hydraoliky; ideálne mesto
• 1513 - Vlády v Miláne sa ujal Massimiliano Sforza, Leonardo musel opustiť Miláno.

Na pozvanie pápežovho brata Giuliana Medici sa vydal do Ríma
•1516 - pozvaný do Francúzska - František I., francúzsky kráľ, ho ubytoval na zámku v Cloux neďaleko kráľovského zámku Amboise
•1519 - Zomrel 2. mája 1519 a bol pochovaný na zámku Cloux u Amboise. Zvestovanie (asi 1472, 98 x 467 cm, Galleria degli Uffizi Florencia)
O tejto maľbe nemáme žiadnu dokumentáciu, jej kvalita je však natoľko vysoká, že ju viacerí experti považujú za jedno z Leonardových ranných diel, pochádzajúcich pravdepodobne z obdobia, keď sa stal majstrom maliarskeho cechu vo Florencii. Skvelý „koberec“ kvetov prerádza Leonardovu záľubu v botanických detailoch a anjelove krídla sú s typicky vedeckou precíznosťou modelované podľa vzoru vtáčích krídel.

Mona Lisa (asi 1503, 77 x 53 cm, Musée du Louvre, Paríž)
Tento portrét Lisy Gherardiniovej, ženy florentského kupca Francesca di Giocondo, je dne spreslávený a je len veľmi ťažké určiť, do akej miery postoj a nežný výraz vychádzali z reality. Leonardo údajne najal hudobníkov a vtipkárov, ktorí počas práce Monu Lisu zabávali.