Komunity kňazského oratória vznikli v mnohých krajinách západného kresťanstva.
Záujem a pôsobenie Filipa Neriho sa však neviazali iba na oratórium. Horlivý Florenťan nadväzoval hlboké a plodné priateľstvá so svätcami svojich čias, pápežmi a inými cirkevnými predstaviteľmi, ale pritom sa živo zaujímal aj o drobných ľudí rímskych ulíc, dokonca i o chlapcov, ktorých vedel zabaviť i poučiť. S neskrotnými šarvancami mal bezhraničnú trpezlivosť. Stalo sa známym napomenutie: „Buďte dobrí, ak môžete!“ Vyjadrovalo nielen jeho miernosť a porozumenie s chlapcami, ale aj povzbudenie k sebavýchove. Často hovorieval chlapcom aj toto: „Buďte veselí, ale nehrešte!“
Zvlášť významným prostriedkom jeho apoštolátu bola spoveď. Pri jeho spovednici sa tisli jednoduchí ľudia i učení, ženy z domácnosti aj cirkevní hodnostári. „Apoštol z Ríma“, ako nazývali Filipa, im pomáhal dosiahnuť zmierenie s Bohom i s ľuďmi. Jeho miernosť sa prejavovala i v spovednici. Avšak nenapraviteľným hriešnikom, najmä takým, čo škodili druhým, vedel dať tvrdé pokánie, ktoré nimi otriaslo a prinieslo potrebnú nápravu. Jeho zvláštnosti pri spovedaní spočiatku vyvolávali prekvapenie a na istý čas mu zapríčinili aj zákaz spovedať. Ale tak kajúcnici, ako aj cirkevné úrady čoskoro pochopili veľké hodnoty tohto vysluhovateľa sviatosti zmierenia a Filip Neri sa stal obľúbeným spovedníkom jednoduchých ľudí i kardinálov.
Filipovi niekoľko ráz ponúkli kardinálsku hodnosť, ale on, ju neprijal. Súhlasil však so spravovaním kostola florentských pútnikov – San Giovanni dei Fiorentini, kde sa roku 1564 utvorila prvá skupina oratoriánskych kňazov. Roku 1575 pápež Gregor XIII. pridelil oratoriánom kostol Santa Maria in Valicella, ktorý si prebudovali na väčší. Tam prežil Filip Neri posledné roky života. Pred smrťou urobil ešte veľkú službu Cirkvi a Francúzsku tým, že sprostredkoval francúzskemu panovníkovi Henrichovi IV. Navarrskému prijatie do Cirkvi. Filip Neri zomrel 26. mája 1595 vo veku 80 rokov. Pri prehliadke jeho mŕtveho tela zistili lekári nepochopiteľnú zvláštnosť na kňazovom hrudníku. Dve rebrá na ľavej strane boli vypuklé a pod nimi bolo nezvyčajne veľké srdce. Táto zvláštnosť sa dáva do súvisu s istým mystickým zážitkom v jeho mladosti, keď mu na Turíce 1544 pri modlitbe v katakombách sv. Šebastiána zjavil Pán Ježiš v podobe žiarivej gule, ktorá mu prenikla do hrude.
Filipa Neriho pochovali v kostole Santa Maria in Valicella. Povesť svätosti ho sprevádzala už za života a po smrti rýchlo dosiahla úradné cirkevné uznanie. Roku 1610 ho pápež Pavol V. vyhlásil za blahoslaveného a roku 1622 pápež Gregor XV.