Po potlačení povstania sa Martin Čulen vrátil do Brodského a odtiaľ do Ostrihomu, aby dokončil štúdiá. Za kňaza bol vysvätený 13. decembra 1848.
Martin Čulen po skončení vysokoškolského štúdia odišiel za kaplána do Veľkých Levár a po krátkom čase odišiel do Majcichova, kde účinkoval v cirkevných službách tiež iba niekoľko mesiacov.
Bol presvedčený, že národné hnutie potrebuje vzdelaných a národne uvedomelých Slovákov, a to bolo možné dosiahnuť len cez výchovu, cez školy. Preto už 17. novembra 1851 odišiel za dočasného profesora matematiky a fyziky na banskobystrické gymnázium.
Príchodom Štefana Moysesa za banskobystrického biskupa sa postupne aktivizovali aj slovenské národné sily v meste i na okolí i na pôde samotného gymnázia, čo dávalo nádeje urobiť z Banskej Bystrice centrum slovenských snáh. Martin Čulen sa dostal do prostredia , ktoré mu umožňovalo dostatočný priestor pre národnobuditeľskú a pedagogickú činnosť. I keď sa súkromne pripravoval na záverečné skúšky z matematiky a fyziky a zároveň pracoval na prvej slovenskej učebnici matematiky, našiel si čas i pre národnú prácu. Martin Čulen ako jeden z najmladších členov slovenských národovcov v Banskej Bystrici ostal v jazykovej otázke indiferentný a v tomto období venoval sa viac teoretickému štúdiu pedagogicko-didaktických otázok. V kruhu erudovaných českých profesorov rýchle rástol jeho pedagogický talent. Ako začínajúci pedagóg sa prezentoval napísaním prvej slovenskej učebnice matematiky, čo mu vynieslo uznanie a autoritu, ale najmä zdravé sebavedomie z prvej úspešnej sebarealizácie.
Martin Čulen učil do roku 1853, keď ako talentovaný pedagóg získal podporu viedenskej univerzity a navštevoval fyzikálno-matematický seminár, aby splnil kvalifikačné požiadavky na miesto riadneho profesora. na univerzite zložil profesorské skúšky s vyznamenaním ako vôbec prvý v Uhorsku. O niekoľko dní Čulena vymenovali za riadneho profesora matematiky a fyziky. Prednášal aj maďarčinu. V týchto rokoch bol už dobrým priateľom Andreja Sládkoviča.
Výborné výsledky Martina Čulena za katedrami tried a vysoké ocenenie za napísanie učebnice matematiky mu otvorili cestu k pedagogickej kariére. Školské úrady ho od 22.júla 1856 preložili na vyššie kráľovské katolícke gymnázium do Bratislavy. Pre mladého Čulena to bolo vysoké vyznamenanie, lebo ministerstvo tým uznalo jeho výnimočný talent a poverilo ho pedagogickou činnosťou na jednom z najväčších a najuznávanejších gymnázií na Slovesnku. O pôsobení Martina Čulena v Bratislave sú len kusé informácie. Na gymnáziu bol jediným profesorom Slovákom.