Význam účinkovania Martina Čulena v Bratislave je najmä v tom, že sa ďalej odborne pripravoval na tvorivú pedagogickú prácu, že sa všestranne zapájal do práce v slovenskom národnom hnutí, a že ako profesor gymnázia svoje pedagogické poslanie i tu videl v službe národu, vo výchove v slovenskom duchu, čo bolo v tom čase na maďarskom gymnáziu dosť riskantné.
V tomto období nastala aj zmena v politickom živote monarchie, čo malo aj dôsledok v tom, že viedenská vláda rozhodla ustanovovať za riaditeľov stredných škôl prísnych a odborne pripravených pedagógov, ktorí spĺňali aj požiadavky politickej orientácie na Viedeň. Medzi mnohými pedagógmi vyhliadli aj Martina Čulena, 36 rošného profesora. V roku 1859 ho vymenovali za riaditeľa szatmárskeho gymnázia.
Celé päťročné pôsobenie Martina Čulena v Banskej Bystrici (1862-1867) ako riaditeľa gymnázia bolo podmienené zložitými politicko-spoločenskými pomermi.
Pomery v Banskej Bystrici v čase Čulenovho účinkovania ako riaditeľa gymnázia nadobudli vyhranenejší charakter. Zostrenie politických pomerov v monarchii malo za následok vyhrotenie vzťahov medzi národnosťami. Aj napriek tomu pedagogická úroveň a národný duch gymnázia priťahovali žiakov skoro z celého Slovenska. Počet žiakov neustále stúpal. Slovensko už poznalo Martina Čulena i niektorých členov jeho profesorského, preto gymnáziu úplne dôverovalo. Vo výchovných plánoch mal Martin Čulen zakotvené všetky národné akcie, slávnosti, spomienky a jubileá. To všetko tvorilo nedeliteľnú súčasť obsahu výchovnej práce gymnázia. ďalšou zaujímavosťou bolo, že Čulen musel pripravovať premyslený učebný program, osnovy pre každý predmet. Vyučovalo sa v slovenskom jazyku 111 hodín, v maďarskom jazyku 48 a ostatné v nemeckom. Zaujímavo vyriešil Čulen problém z nedostatkom učebníc. Presvedčil zbor, aby jednotliví profesori napísali nové a slovenské učebnice, čo sa malo aj prejaviť v kvalitách vzdelania profesorov. Tvorivá práca profesorov bystrického gymnázia sa odzrkadľovala aj na stránkach novín a časopisov, kde uverejňovali teoretické práce, úvahy i pedagogicko-metodické príspevky. Vzájomná dôvera a súhra medzi Čulenom a žiakmi sa prejavila v mnohých pozitívnych výsledkoch školy. Gymnázium získalo výbornú povesť a svojou verejnou angažovanosťou začalo aktívne formovať národný život mesta a zasahovať aj do politicko-spoločenského života celého okolia, ba v určitom zmysle sa stalo skutočným národnobuditeľským centrom Slovenska.
Blížiace sa rakúsko-maďarské vyrovnanie umožnilo maďarským úradom vystúpiť proti Čulenovi ráznejšie a zákernejšie. Martin Čulen nerezignoval a odolával všetkým hrozbám a intrigám. Jeho všestranná angažovanosť za národ mu získali úctu a uznanie v celom národe. Martin Čulen mal byť z riaditeľskej funkcie uvoľnený už začiatkom februára 1867, ale Štefan Moyses vymohol, aby ešte vyše jedného mesiaca mohol viesť školu. Rozhodnutie zbaviť Čulena riaditeľského miesta prišlo okamžite. Ihneď mu zakázali styk so študentmi a verejnú činnosť.