Pred predčasným prepustením z neho sa písomne zaviazal, ža sa zrieka verejného publikovania svojich prác.
Vlastenecká slovenská mládež z bratislavského generálneho seminára sa už r. 1789 pokúsila založiť Slovenské učené tovarišstvo. Keď konečne r. 1792 tento spolok vznikol, jeho riaditeľom sa stal Anton Bernolák a pokladníkom, fakticky tajomníkom, Fándly. Činnosť Tovarišstva bola zameraná predovšetkým na zveľaďovanie kultúrnosti a sociálnych podmienok slovenského ľudu. Fándlymu ako ako hlavnému organizátorovi sa v Tovarišstve podarilo do aktívnej tvorivej spolupráce pritiahnuťveľké množstvo odborníkov, s ktorými riešili problémy hospodárske (J. Fándly, J. Bortnický, J. Koreska, J. Valentíny, K. Gazda atď.), historické (J. Papánek, J. Sklenár, J. Fándly, A. Bernolák), jazykovedné (A. Bernolák, A. Kubica, J. Herkeľ, J. Oravec, J. Bortnický, J. Derčík), umelecké (M. Klimko, J. I. Bajza, V. Šimko, J. Hollý), pedagogické (J. Paleš, J. Fándly), prírodovedné (J. Palkovič atď.) i náboženské (J. Palkovič, A. Benčič, F. Habel, M. Rešetka, A. Rudnay, O. Mészáros, O. Brestiansky, J. Fándly). Je to teda i prvá slovenská spoločnosť na popularizovanie vied, prvá, i keď často len Fándlyho činnosťou reprezentovaná organizácia, ktorá chcela naširoko rozhýbať slovenský život.
Ako člen Tovarišstva sa Fándly venuje písaniu ľudovýchovnej a náučnej literatúry. Píše spisy hospodárske, zdravotnícke, historické, náboženské a iné. Hospodárske spisy tvoria najrozsiahlejšiu a najvýznamnejšiu časť Fándlyho literárnej činnosti. Fándly chce naučiť sedliaka efektívne využívať pôdu a spravovať svoje hospodárstvo, čím nielenže odstráni svoju biedu, ale ostane mu čas i na ďalšie vzdelávanie. R. 1792 vydáva v Trnave prvý diel rozsiahleho diela Piľňí domajší a poľní hospodár, postupne mu nákladom Slovenského učeného tovarišstva vychádzajú i jeho nasledujúce tri zväzky a ďalšie diela: historická práca Compedianta historia gentis Slavae, Zeľinkár, dva zväzky Príhodných a svátečných kázní a nie je vylúčené, že aj drobné spisky O uhoroch ai včelách rozmlúváňí a Slovenský včelár. Vo svojich ľudovýchovných spisoch sa Fándly nielen usiloval zhrnúť v tom čase najnovšie poznatky, nadobudnuté štúdiom literatúry, ale vkladá do nich i svoje skúsenosti, ktoré si v praxi overil. Slúži ku cti Fándlyho, že preberané myšlienky a postupy iných autorov si neprivlastňoval, ale ich autorstvo dôsledne označoval.
Národné obrodenie každého národa sprevádza poukazovanie na históriu a historickosť príslušného národa.