Zastával sa v ňom demokratizačných reforiem v cirkvi. Keď odmietol svoje tvrdenia odvolať bol predvolaný pred cirkevný súd a odsúdený na jednomesačné väzenie. V jeho časopise bolo bez jeho vedomia uverejnené falošné vyhlásenie, že sa svojich názorov zrieka, čo mu podlomilo zdravie. Od roku 1852 bol kaplánom na nemeckej fare v Pešti. Počas svojho tamojšieho pôsobenia redigoval Katolícke noviny pre dom a cirkev, v ktorých obhajoval Štúrovu slovenčinu. Tento cieľ sledoval aj brožúrou Ohlas pravdy v záležitosti spisovné reči slovenské. Po páde Bachovho absolutizmu sa začal venovať občiansky angažovanej novinárskej činnosti. V časopise Priateľ školy a literatúry vítal éru ústavnosti, poukazoval na chyby v národnej politike a snažil sa dorozumieť s maďarskými liberálmi. Vypracoval koncepciu federalistického spojenia slovanských národov v Uhorsku, pričom pokladal za nevyhnutnú reálnu dohodu s Maďarmi. Za tieto postoje ho štúrovci odsudzovali a vyvolávali útoky proti jeho osobe a proti ideovému zameraniu jeho veselohier. Na memorandovom zhromaždení v Martine sa vyslovil proti požiadavke tzv. Slovenského okolia, pretože sa obával hrozby opätovného nastolenia viedenského centralizmu. Tým sa dostal s prívržencami Memoranda do sporu no ako spoluzakladateľ Matice slovenskej s nimi už spolupracoval.
Zúčastnil sa na zložení politickej strany tzv. Novej školy slovenskej a písal do jej orgánu Slovenské noviny. Keď sa strana začala prikláňať k promaďarskej politike, prestal sa verejne angažovať, ale naďalej zostal zástancom partnerskej spolupráce národov uhorka. Svoje výhrady proti slovanskej podobe absolutizmu zhrnul v stati O vzájomnosti slovanskej. V roku 1862 začal pôsobiť ako farár v Majcichove pri Trnave, kde aj v roku 1870 zomrel.


Palárikova tvorba

Hlavný význam Palárikovej literárnej tvorby spočíva v dramatickej tvorbe:

• Inkognito – je nadviazaním na tradíciu prác Jána Chalupku. V jeho duchu si zvolil aj tematiku Kocúrkova s galériou malomestských figúrok, ale zároveň už predstavovala nový typ dramatického diela ako spoločenskej výpovede, postihujúcej dané pomery na sklonku bachovskej éry. Namiesto neriešiteľných rozporov medzi predstaviteľmi rozličných vlastenectiev načrtol tendencie zbližovania, pričom pracoval s karikatúrou, náhodnými stretnutiami ako zákonitosťou, kritikou. Neľútostne pranieroval meštianstvo, jeho labilitu a mamonárstvo, využívajúc humornú nadsádzku.