V roku 1930 sa stal oficiálnym podpredsedom HSĽS, čo naznačovalo že sa stáva „druhým mužom“ v strane. Pred voľbami v roku 1935 bol Tiso hlavným iniciátorom vzniku tzv. autonomistického bloku, čo znamenalo úzku spoluprácu HSĽS a SNS. Tento blok sa však bezprostredne po voľbách rozpadol. V decembri toho istého roku sa mala uskutočniť i voľba prezidenta, v ktorej chcela HSĽS zohrať úlohu. Tiso bol pri rokovaniach asi iba sprostredkovateľom, rozhodujúce slovo vo voľbe prezidenta mal stále Hlinka. Je však veľmi pravdepodobne, že Tiso Hlinkovu voľbu Beneša veľmi ovplyvnil. Beneš vraj totiž ešte pred samotnou voľbou prisľúbil Tisovi, že ak za neho bude HSĽS hlasovať, do roka po svojom zvolení za prezidenta vyrieši slovenskú otázku uskutočnením autonómie. Po okupácii Rakúska nacistami v marci 1938 Dr. Jozef Tiso v pražskom parlamente opätovne zdôraznil, že HSĽS stojí na pôde ČSR, ale neprestane naliehať na uskutočnenie autonómie Slovenska v rámci spoločného štátu s Čechmi. V tejto nepokojnej dobe a napätej situácii dňa 16. augusta 1938 zomrel v Ružomberku zakladateľ a predseda HSĽS Andrej Hlinka. Tiso sa v rámci svojej podpredsedníckej funkcie presunul na čelo HSĽS. 8.septembra toho istého roku si prezident Beneš pozval Tisu, aby mu oznámil, že sa rozhodol Slovákov včleniť do svojho ”Štvrtého návrhu”, v ktorom chcel riešiť problémy menšín v ČSR. Tiso po návrate do Bratislavy verejne vyhlásil: ”V Prahe museli stratiť zdravý rozum, už nie je vôbec možné s nimi diskutovať.” Zdalo sa mu neuveriteľné, že mu Beneš ponúkol, že Slovákov zaradí medzi posledné menšiny v ČSR v čase, keď bolo jasne, že ČSR hrozí blízky zánik. Napriek tomu rokovania s Benešom viedol Tiso v mene HSĽS až do októbra 1938. Dňa 30. septembra 1938 sa vláda ČSR podrobila mníchovskému diktátu, čím stratila skoro 1/3 svojho územia. 5.októbra, v deň Benešovej demisie z úradu prezidenta republiky, zvolal Tiso do Žiliny výkonný výbor HSĽS, aby zaujal stanovisko k novej politickej situácii. Na schôdzu prišli aj predstavitelia ostatných politických strán pôsobiacich na Slovensku okrem komunistov. Spoločne podpísali „Vyhlásenie“ o autonómii Slovenska v rámci česko-slovenského štátu (tzv. Žilinská dohoda). Pražská vláda toto vyhlásenie prijala a ešte v ten istý deň menovala Dr. Jozefa Tisu za predsedu prvej autonómnej vlády. Tlak Nemecka, podporovaný radikálnym krídlom HSĽS (V. Tuka, A. Mach), sa stupňoval. V lete 1940 musel prezident Tiso na priamy Hitlerov nátlak pustiť k moci radikálnych pronemecky orientovaných politikov a musel súhlasiť s vyslaním nemeckých poradcov na Slovensko.