septembra 1787 ústavu Spojených štátov, ktorú vypracoval konvent a schválili všetky štáty Únie. Ústava do platnosti vstúpila až 21. 6. 1788 a podľa nej boli oficiálne vytvorené a uzákonené aj ústredné orgány štátnej moci.

T.Jefferson sa po skončení svojej diplomatickej misie v r. 1790 vracia späť do Spojených štátov, kde sa stáva na tri roky štátnym tajomníkom (sekretárom) v prvej vláde G. Washingtona. V nej mal potom na starosti politické, obchodné, ale aj diplomatické vzťahy s Francúzskom. V roku 1796 je T.Jefferson, ako humanista a americký osvietenský filozof, zvolený za prezidenta Americkej filozofickej spoločnosti, lebo jej zakladateľ B.Franklin(zomrel pred šiestimi rokmi), ktorý túto funkciu zastával dlhé roky. T.Jefferson na tomto poste zotrval až do volebného obdobia na funkciu 3. prezidenta Spojených štátov amerických. Tá doba nastala v r. 1801, keď po volebnej porážke strany federalistov je zvolený po G.Washingtonovi a J. Adamsovi za tretieho prezidenta Spojených štátov amerických. Za jeho prezidentské obdobie (v rokoch 1801 až 1809) si Spojené štáty upevnili svoje postavenie vo svete. Lebo okrem hospodárskych úspechov sa podarilo k USA pripojiť Ohio a od Francúzska odkúpiť aj Louisianu. Jefferson si so zahraničím upevňoval svoje postavenie aj tým, že nadväzoval diplomatické vzťahy, napríklad s Ruskom. Zároveň sa mu čiastočne podarilo splniť aj to, čo ho najviac znepokojovalo, a to bola otázka otrokov. Preto na sklonku svojho funkčného obdobia, ešte v kresle prezidenta USA, zakazuje dovoz čiernych otrokov z Afriky. Zároveň v r. 1807 prerušil s Európou obchodné styky vyhlásením embarga, aby tak eliminoval vplyv Anglicka na americkú ekonomiku, no a zrejme aj kvôli nepredvídateľnej rozpínavosti Napoleonovho Francúzska. Za jeho vlády však vo vnútri USA došlo k posilneniu najmä osvietenských programov v kultúre a v školstve, no aj v ďalších oblastiach spoločenského života. Tak napríklad v hospodárskej politike bol okrem iného aj zástancom stredného a drobného podnikateľského stavu, ktorý sa len ťažko zmáhal,
preto v súkromnom podnikaní razil zásadu čestnosti a bezúhonnej príkladnosti, najmä pri nadobúdaní majetku.

Jeffersonovi až teraz zostávalo viac času aj na ďalšie osvietenské a humanitárne aktivity.Uvedomoval si, že jeho vlasť potrebuje stále viac vysokoškolsky vzdelaných odborníkov, preto sa v r. 1819 rozhodol, že vo Virgínii založí univerzitu.