Potom, po väznení v Drážďanoch, je Zápotocký internovaný v koncentračnom tábore Sachcenhausen-Oranienburg.

Po návrate z koncentračného tábora sa Zápotocký stáva roku 1945 prednostom Ústrednej vlády odborov, členom predsedníctva ÚV KSČ a poslancom Národného zhromaždenia.

Po komunistickom puči, po februárových udalostiach roku 1948, na ktorých sa sám veľmi výrazne podieľa, je Zápotocký do júna roku 1948 podpredsedom československej vlády a potom až do oku 1953 je jej predsedom.

Po smrti K.Gotwalda sa stáva Zápotocký prezidentom Československa, zvolený bol 21.marca 1953. Prezidentom je potom až do svojej smrti.

Antonín Zápotocký sa ako prezident snažil zmeniť pomery, ktoré v pätdesiatych rokoch v Československu panovali, sú známejeho prejavy napr.: pri otvárani Klíčavskej priehrady, kde hovoril, že kto z robotníkov chce vystúpiť zo zjednotených robotníckych družstiev, môže atd. Jeho snahy ale narážali na odpor straníckeho aparátu na čele s prvým tajomníkom starany A. Novotným. Zápotocký vzápätí na svoje snaženie rezignoval.

Je tiež veľmi zaujímavé sledovať rolu Zápotockého pri príprave vykonštuovaných procesov so Slánským a spol. – Zápotocký sa so Slánským neznáša už od roku 1929, kedy vrcholí v KSČ proces boľševizácie a kedy práve Slánský tvrdo presadzuje Zápotockého vylúčenie zo strany...

Rola Zápotockého v čele štátu býva často idealizovaná – býva označovaný za “otca robotníkov”, za človeka z ľudu, ale nie je to tak celkom pravda, udalosti po menovej reforme v roku 1953 ukazujú, že Zápotocký dokáže byť práve voči robotníkom, ktorí dajú najavo nesúhlas s kom. vládou, veľmi tvrdý a nekompromisný.

13. novembra 1957 Antonín Zápotocký umiera na infarkt a na jeho miesto nastupuje A. Novotný.