Mohol sa tu však oboznámiť s najnovšími pohľadmi na architektúru a urbanizmus. V tom čase vo svete vrcholil vplyv nového umeleckého smeru – secesie. Tá bola obľúbená predovšetkým u meštiakov. Svoje korene mala v ľudovej architektúre a to mladého Jurkoviča doslova učarilo. Okamžite sa stal priaznivcom tohto umeleckého smeru a tak si v skorej mladosti presne zadefinoval svoje ďalšie napredovanie. V secesii sa totiž dali skĺbiť moderné architektonické trendy a tradičná malebnosť ľudového umenia, ku ktorému Jurkovič už do detstva inklinoval.

Po ukončení školy prežil tovarišské roky v projekčnej kancelárii M. Urbánka v moravskom Vsetíne. Zároveň začal svoj vlastný dlhoročný výskum ľudového staviteľstva na severozápadnom Slovensku a moravsko-slovenskom pomedzí. Zaujala ho najmä architektúra Oravy a rázovitej obce Čičmany. Výsledky výskumu využil na Česko-slovenskej národopisnej výstave v Prahe v roku 1895. Podľa jeho náčrtov tu postavili presnú repliku typického domu z Čičmian. Exponát mal veľký úspech a vošiel do povedomia odbornej a laickej verejnosti. Neskôr dostal objednávku na prestavbu turistických objektov, takzvaných „pustevní“, na hore Radhošť na Morave. V projektoch „pustevní“ vynikajúcim spôsobom skombinoval množstvo architektonických prvkov ľudových stavieb do jednotného umeleckého tvaru. Teoretici umenia, ale aj obyčajní turisti, boli krásou pustevní unesení. Za toto dielo si vyslúžil označenie básnik dreva.

Jurkoviča však očarila nielen slovenská ľudová architektúra, ale miloval aj valašskú a moravskú. V roku 1899 sa usadil v Brne, kde pôsobil ako samostatný architekt a zapojil sa do činnosti výtvarného odboru Klubu priateľov umenia. Tiež sa pohyboval medzi slovenskou národne orientovanou inteligenciou, s ktorou mal priateľské vzťahy už do svojich študentských čias vo Viedni, kde pôsobil v spolku slovenských študentov Tatran. Tu sa spoznal aj so svojím veľkým priateľom a obdivovateľom dr. Pavlom Blahom, ktorý pôsobil v skupine intelektuálov združenej okolo časopisu Hlas. Dr. Blaho nadovšetko miloval rodnú Skalicu, kde Jurkovič postavil Spolkový a kultúrny dom. Možno tu nájsť neopakovateľné zlúčenie jednotlivých ľudových prvkov z rôznych častí Slovenska a Moravy, čo presne vystihuje charakter mesta, v ktorom sa stretáva moravská a slovenská tradícia. Jednou z osobitostí Skalice sú taktiež skalické „búdy“. Stoja vo vinohradoch a slúžia predovšetkým na uskladnenie vína. V „búde“ Pavla Blahu sa pred 1. svetovou vojnou stretávali slovenský národovci s priateľmi spoza rieky Moravy. Práve túto búdu postavili podľa návrhu architekta Dušana Jurkoviča. Neskôr navrhol tiež pomník pre svojho priateľa dr. Blaha a ostatných členov jeho rodiny, ktorý dodnes dominuje skalickému cintorínu.