Získal zlatú medailu I. triedy za architektúru na medzinárodnej výstave moderného dekoratívneho a úžitkového umenia v Paríži (1925), ďalej diplomy za architektúru na medzinárodných výstavách v Budapešti (1930), Miláne (1933) a Varšave (1935), čestný doktorát filozofie Univerzity J. A. Komenského v Bratislave (1938) a titul národný umelec (1946). Stal sa čestným predsedom Spolku architektov Slovenska (1946) a v roku 1991 mu udelili Rad T. G. Masaryka I. triedy In memoriam.

V období vojnovej Slovenskej republiky sa ako človek verný česko-slovenskej vzájomnosti a demokracii odmlčal. Proti totalite a násiliu viedol vlastnú vojnu vo svojich dielach. V tichu pracovne vytváral veľké pomníkové projekty. Odišiel z verejného života a utiahol sa do vnútorného sveta výtvarných predstáv. To sa premietlo aj do série utopických návrhov na pomníky obetí, resp. pamätníky udalostí vojny: pomník pražským študentom (1939), pomníky osobnostiam českej kultúry zo začiatku 40-tych rokov, pomník národným dejateľom (1944), predovšetkým však návrhy na mauzóleum českých mučeníkov v druhej svetovej vojne (1942), mauzóleum na pamäť bitky pri Stalingrade (1943), pamätník druhého výročia zániku Lidíc (1944), Kamenná apoteóza Slovenského národného povstania (1944), a Kenotafium k oslave padlých hrdinov Červenej armády na oslobodenom Slovensku (1945). Je to vizionárska architektúra predstavujúca zvláštny osobný komentár umelca k udalostiam druhej svetovej vojny. Monumentálne symbolické stavby sú uvažované ako ideálne, bez väzby na konkrétne krajinné prostredie. Ohromujúca mierka, orientácia na formový repertoár klasiky a symbolický jazyk architektúry, ako aj do istej miery utopický ráz týchto návrhov naznačujú určité paralely k dielam architektov Francúzskej revolúcie (É.-L- Boulléa, či C.-N. Leduouxa), i k súdobej talianskej architektúre. Hoci jednotlivé formové motívy nadväzujú na skoršie Jurkovičove diela, vojnové pamätníky jednoznačne prekračujú rámec jeho dovtedajšej tvorby a v kontexte jeho diela predstavujú svojbytnú skupinu. spomedzi početných memoriálnych návrhov vojnového obdobia Jurkovič napokon realizoval iba monument v Kremničke, ktorým nadviazal na svoju tvorbu haličského obdobia, a pomerne komorný pamätník revolučných udalostí na cintoríne v Brezovej, ktorý sa v roku 1948 stal jeho vlastným náhrobkom. Ťaživé a obludné vízie svetovej vojny ostali uchované iba na papieri ako osobná výpoveď umelca, ako svedectvo obludnosti doby.

Ku koncu vojny prelomil steny samoty a prostredníctvom synov sa zapojil do aktívneho odboja. Po roku 1945 sa napriek vysokému veku opäť pustil do umeleckých a spoločenských aktivít. Odišiel náhle 21. decembra roku 1947.