Jeho dávnym priateľom z Paríža bol aj Paul Gaugain. Boli si veľmi blízki, a tak sa po Vincentovom naliehaní Paul presťahoval k nemu do Žltého domu. Bola to však osudná chyba. Áno, spočiatku bol Vincent rád, že má spoločnosť, no to sa zakrátko zmenilo. Ich časté hádky ho rozlaďovali, k tomu sa pridali aj čoraz častejšie úpaly zo slnka a samozrejme návštevy miestneho nevestinca. Jedna hádka vyústila až do takých enormných rozmerov, že Vincent v afekte napadol Paula britvou. Ten vystrašený utiekol, zatiaľ čo si Vincent v záchvate pološialenstva odrezal časť pravého ucha. To potom daroval istej prostitútke v nevestinci. Až vtedy si uvedomil, ako blízko má k šialenstvu.

Preto v roku 1889 opúšťa Arles a s ním aj svoj Žltý dom. Z vlastnej vôle odchádza do ústavu pre duševne chorých v meste St.Rémy. V období vyrovnanosti smel maľovať a mal povolené aj vychádzky. Počas tohto obdobia kratšieho ako rok stihol namaľovať viac ako 200 obrazov. Jeho psychický stav sa zlepšil a Vincent mohol odísť.

Presťahoval sa do Auvers, mesta obľúbeného umelcami, na juhu Francúzska. Prenajal si izbu nad miestnou kaviarňou a ponoril sa do tvorby. Namaľoval neuveriteľných 70 obrazov za 70 dní.
Táto horúčkovitá činnosť však nemohla mať dlhé trvanie. V nedeľu 27.júla 1890 odišiel Vincent do poľa a strelil si do boku. Jeho priateľom sa podarilo dostať ho späť domov, avšak už len na jednu noc.

V utorok 29.júla 1890 približne okolo jednej hodiny ráno Vincent zomrel na následky zranenia vo veku nedožitých 37 rokov. Sedel vedľa neho Theo a bolo mu dobre. Necítil bolesť. Bol rád, že už zomiera. Pochovali ho na malý auverský cintorín a okolo hrobu mu vysadili slnečnice.
O 6 mesiacov neskôr zomrel aj Theo. Neustále sa trápil, až kým jeho myseľ tú ťarchu neudržala. Thea pochovali vedľa brata, aby odpočíval v hýrivom tieni Vincentových slnečníc.

Vrcholné diela:
Jedáci zemiakov, 1885, Van Gogh Museum, Amsterdam
Slnečnice, 1888, National Galery, London
Hviezdnatá noc, 1888, Musée d’Orsay, Paris
Spálňa v Arles, 1889, Art Unstitute of Chicago
Pole s cyprusmi, 1889, National Galery, London
Autoportrét, 1890, Jeu de Paume, Paris