Organizátor Československej národnej rady:
Štefánikovou novou úlohou, ktorú si sám stanovil bolo vytvorenie jedného riadiaceho centra pre spoločný odboj Čechov a Slovákov a tiež vytvorenie samostatného česko-slovenského vojska a jeho presadenie medzi politikmi. O týchto plánoch informoval aj ministerského predsedu Aristida Brianda a dohodol stretnutie medzi ním a Masarykom. V tom čase Štefánika opäť začala trápiť choroba a musel do nemocnice. Strenutie Masaryka s Briandom bolo úspešné a Briand sa stal prívržencom Masarykovej koncepcie riešenia stredoeurópskej otázky. Štefánik medzitým neustále presadzoval vytvorenie ústredného reprezentatívneho orgánu zahraničného odboja. Tak vznikla vo februári 1916 Národná rada krajín českých (Conseil national des Pays Tchéques), ktorá sa neskôr premenovala na Československú národnú radu. Jej predsedom bol T. G. Masaryk, podpredsedami J. Durich a M. R. Štefánik a generálnym tajomníkom E. Beneš. Jej sídlo bolo na Rue Bonaparte 18 a hlavnými tlačovými orgánmi boli časopisy La Nation Tchéque a Československá samostatnosť. Súčasne začala rada organizovať česko-slovenské vojsko v zahraničí. Keď sa Štefánikov stav zlepšil, odišiel do Talianska. Tu ako letec rozhadzoval na talianskom fronte letáky určené najmä pre Čechov a Slovákov a okrem toho chcel získať talianske vojenské a politické kruhy pre česko-slovenskú koncepciu strednej Európy, v ktorej sa počítalo tiež s vytvorením juhoslovanského štátu. Postoj Talianska k juhoslovanskej otázke bol však odmietavý. Po návrate do Paríža sa Štefánik intenzívne venoval otázke ustanovenia samostatného česko-slovenského vojska. Za týmto účelom odcestoval do Ruska.

Dňa 25. augusta 1916 sa dostal v Mogiľove ku Mauriceovi Janinovi, šéfovi francúzskej misie v Rusku. Janin zaviedol Štefánika ku náčelníkovi generálneho štábu Alexejevovi i k cárovi Mikulášovi a podarilo sa mu posilniť postavenie ČSNR vo vojenských kruhoch. Dňa 29. augusta potom podpísali Durich a Štefánik tzv. Kyjevskú dohodu spolu s predstaviteľom amerických Slovákov G. Košíkom, ktorou spoločne uznali ČSNR za vedúci orgán českého a slovenského hnutia v zahraničí. Francúzske velenie potom poslalo Štefánika do Rumunska, kde sa mu zakrátko podarilo získať 1500 dobrovoľníkov. Začiatkom r. 1917 sa vrátil do Ruska. Po počiatočných komplikáciách s Durichom, ktorý nerešpektoval dohody a mal skôr procársku orientáciu však predsa mala Štefánikova misia v Rusku úspech. Napomohla tomu svojou podporou aj nová dočasná vláda, ktorá vznikla po páde cárizmu a postavenie ČSNR bolo upevnené. Dňa 2. júna 1917 odplával Štefánik do USA. Prvou úlohou bol nábor dobrovoľníkov, ktorých sa mu napokon podarilo získať 3000. Druhou mala byť konsolidácia krajanov v USA a získanie ich podpory pre ČSNR. Jeho činnosť bola úspešná a politickú aktivitu medzi osobnosťami v Amerike ocenili aj francúzske kruhy a 20. októbra bol Štefánik vyznamenaný krížom dôstojníka Čestnej légie. Po návrate do Paríža sa Štefánik zapojil do diplomatických rokovaní o ustanovení samostatnej česko-slovenskej armády. Výsledkom bol Dekrét o vytvorení česko-slovenskej armády vo Francúzsku, ktorý vydala francúzska vláda 16. decembra 1917. Podľa tohto dekrétu a neskôr vydaného štatútu sa teda vytvorila samostatná česko-slovenská armáda, ktorá politicky podliehala ČSNR v Paríži. V Paríži sa Štefánik opäť stretol s Janinom. Ten potom so súhlasom francúzskeho velenia prijal funkciu veliteľa vytvárajúceho sa česko-slovenského vojska.(10000 vojakov).

V Taliansku a na Sibíri:
V polovici februára 1918 odišiel Štefánik do Talianska. Aj tu bolo jeho hlavnou úlohou vybudovanie česko-slovenskej armády. Talianske vojenské ani politické kruhy mu však neboli naklonené. Vplyvom svojej diplomacie sa mu však nakoniec podarilo prelomiť ľady. Podarilo sa mu pre svoj plán získať jedného z najväčších odporcov: ministra zahraničia S. Sonnina. Aby Štefánik, vtedy už ako plukovník francúzskej armády, zvýšil svoju osobnú agitáciu , vypracoval memorandum, v ktorom zhrnul všetky svoje argumenty a predložil ho Sonninovi a šéfovi gen. štábu generálovi Diazovi v Ríme. Výsledkom bolo, že dňa 21. apríla 1918 Štefánik podpísal s ministerským predsedom Orlandom dvojstrannú zmluvu o vytvorení samostatnej československej armády, ktorá plne podliehala ČSNR. Vojsko vyzbrojovalo Taliansko, čo bolo v zmluve dané ako pôžička. Nábor dobrovoľníkov pokračoval a 24. mája 1918 sa pred pomníkom Viktora Emanuela v Ríme konala veľkolepá slávnosť: odovzdávanie plukových vlajok česko-slovenským jednotkám.

V máji roku 1918 preletela svetom správa o vystúpení česko-slovenských légií v Rusku. Mali už 50 000 príslušníkov a čoskoro sa zapojili do bojov proti Nemecku a Rakúsko-Uhorsku. Podpísanie mieru medzi sovietskou vládou a Ústrednými mocnosťami v marci 1918 však spôsobilo, že česko-slovenské vojsko v Rusku stratilo nepriateľa. To viedlo k demoralizácii vojska a bolo potrebné, aby Štefánik odišiel do Ruska k ohrozeným légiám. Štefánik, ktorý mal už od 20. júna hodnosť generála sa teda vybral z Paríža na cestu. Najprv však navštívil USA, kde spolu s Masarykom a gen. Janinom preberali ďalšie plány. Dňa 24. septembra potom odcestoval do Tokia, kde ale pre opätovné problémy zo žalúdkom pobudol až mesiac a cesta na Sibír sa predlžovala. Medzitým už nič nebránilo tomu, aby sa po medzinárodnom uznaní ČSNR mohol tento orgán premeniť de facto na vládu. Stalo sa tak 14. októbra 1918. Vláda bola trojčlenná: Masaryk bol ministerským predsedom, Beneš ministrom vnútra a Štefánik ministrom obrany. Krátko nato uverejnil Masaryk aj Vyhlásenie nezávislosti Československa, tzv. Washingtonskú deklaráciu. Tá zapôsobila na americkú verejnosť i na prezidenta Wilsona. Ten reagoval na návrh prímeria zo strany Rakúsko-Uhorska tak, že po jeho uzavretí majú o budúcnosti monarchie rozhodnúť jej národy sami. A tie sa už rozhodli. Došlo k vystúpeniu domáceho odboja a 28. októbra k vyhláseniu Československej republiky. V Ženeve sa uskutočnilo zjednotenie domáceho odboja na čele s K. Kramářom a zahraničnej delegácie vedenej E. Benešom.

Dohodli sa na osobe prezidenta: T. G. Masarykovi i novej československej vláde, ktorej predsedom sa stal K. Kramář, ministrom zahraničia E. Beneš, minister vojny M. R. Štefánik a rezort obrany prevzal V. Klofáč. Zakrátko Nemecko kapitulovalo a vojna sa skončila. Štefánik sa o všetkom dozvedel v Japonsku. Chcel sa hneď vrátiť do Paríža, no najprv chcel splniť svoj cieľ na Sibíri. Dňa 13. novembra nastúpil na loď do Vladivostoku. Po príchode chcel dohodnúť s vojenským velením podrobnosti presunu legionárov do vlasti. Okrem toho, vzhľadom na vznik Československej republiky zrušil Odbočku ČSNR v Rusku a vymenoval Bohdana Pavlů za splnomocnenca československej vlády v Rusku. Z rúk generála Janina prevzal Rad veliteľa Čestnej légie a 25. januára 1919 opustil Rusko a odišiel do Paríža. Po príchode bolo jeho hlavnou starosťou stiahnutie sibírskych légií a ich odsun do vlasti. Stretol sa preto i s G. Clemenceaum i maršalom Fochom. V Paríži sa Štefánik zúčastnil aj na práci mierovej konferencie, zaoberal sa budovaním česko-slovenského letectva, mal plány pre zriedenie štátnej správy a podpory vedy v novom štáte.
Potom ešte odišiel do Talianska. Navštívil tam svoju poslednú lásku markízu Giulianu Benzoniovú a dohodli sa na sobáši. Okrem toho ešte urovnával spor medzi francúzskou a talianskou vojenskou misiou a ten sa mal definitívne doriešiť po jeho príchode do Bratislavy. Na rodnú vlasť sa veľmi tešil, lebo ju nenavštívil od smrti svojho otca r. 1913. Dňa 4. mája 1919 nastúpil Štefánik na letisku Campo Formido pri Udine do lietadla typu Caproni 450, sprevádzaný dvoma talianskymi letcami a mechanikom. Cieľom jeho cesty bolo letisko vo Vajnoroch pri Bratislave. Lietadlo však nikdy nepristálo, pretože keď sa už blížilo k miestu pristátia, náhle sa zrútilo neďaleko Ivanky pri Dunaji. M. R. Štefánik a všetci členovia posádky boli namieste mŕtvi.