S buditeľskými náhľadmi je spojený Hurbanov záujem o historické témy. Z veľkomoravského obdobia čerpal námet na prózy Svadba krále veľkomoravského (1842) a Svatoplukovci (1844). Nešlo mu o historicky pravdivý obraz udalostí, ale o vyslovenie aktuálnych myšlienok poukázaním na slávnu minulosť a potrebu súdržnosti v boji proti nepriateľom.
Do čias Matúša Čáka sa vrátil v historickej povesti Olejkár (1846). Dej je osnovaný okolo dojemnej lásky olejkárovho pomocníka Víta k Hrabovcovej dcére Ľudmile a okolo intríg, ktoré snujú trenčiansky zlatník a olejkár Hrabovec proti Matúšovi Čákovi. Snahou M. Čáka bolo dosadiť na uhorský trón českého kráľa Václava II. Získal si na svoju stranu vlastencov, ale popudil odporcov. Povesť je nabitá dramatickým dejom, množstvom postáv, z ktorých mnohé sú zahalené tajomstvom.

Príbeh sa odohráva v Trenčíne a priľahlom okolí. Začína sa opisom tmavej, búrlivej silvestrovskej noci roku 1299, plnej hrôzy a tajuplnosti. Vtedy prichádza tajomná postava olejkára Hrabovca k trienčianskemu zlatníkovi. Hrabovec sa zo žiarlivosti, z osobných dôvodov dá zlákať prefíkaným zlatníkom a pripravuje mu jedy, ktoré využíva na odstránenie Matúša Čaáka a jeho prívržencov. Ich sprisahanie odhalí Vít, ktorý chce pred Hrabovcovou pomstou utiecť s milovanou Ľudmilou do Čiech. Odhalením Hrabovca sa odhaľujú osudy a tajomstvá jednotlivých postáv. Hrabovec spoznáva svoj omyl, na súde sa kajúcne priznáva k vine a k svojej minulosti. Kedysi ľúbil zlatníkovu dcéru Želmíru a z tejto lásky sa im narodil syn. Jeho bohatá zemianska rodina nesúhlasila s tým, aby sa oženil s chudobnou dievčinou. Želmíra zo zúfalstva spáchala samovraždu a Hrabovca vyhnali z rodičovského majetku. Venoval sa poznávaniu prírody a po rokoch sa oženil s peknou, bohatou dievčinou Miladou a mali dcéru Ľudmilu. Keď Vít dospe, vzal si ho otec za pomocníka. Mladí ľudia sa do seba zaľúbili a až v závere spoznávajú, že sú súrodenci. Zlatníka odsúdili na smrť, Hrabovcovi udelili milosť. Vít vstúpil do Matúšových služieb a Ľudmila s matkou dali postaviť kláštor, do ktorého sa uchýlili.

Hurban idealizuje Matúša Čáka. Zobrazuje ho ako silného, cieľavedomého a spravodlivého vladára. („On vládol nad Tatrami. A v jeho Tatrách bol pokoj a panovali spravodlivosť a šťastie.“) Matúš vystupuje ako uvedomelý Slovák a Slovan. Jeho reč je často nadnesená, patetická. Reč ostatných postáv, najmä z ľudovej vrstvy, je blízka živej hovorovej reči, popretkávaná ľudovými zvratmi a prísloviami.
Povesť má všetky znaky romantického štýlu. Dej je napínavý, plný zvratov. Sú tu typické motívy: silná vášeň, láska, zložité vzťahy medzi ľudmi, intrigy, pomsta a víťazstvo dobra nad zlom.

Najrozsiahlejšou Hurbanovou prózou je román Gottšalk (1861). Autorovi nešlo o historisky verné zobrazenie života polabských Slovanov v 11. stor., ale o odsúdenie násilného nemeckého pokresťančovania Slovanov. Hlavnou postavou je slovanské knieža Gočalko, ktorý opúšťa svoju pohanskú manželku a dcéru, aby sa oženil s dánskou kresťanskou princeznou a pod pogermánčeným menom Gottšalk šíril kresťanstvo medzi svojimi kmeňmi. Takto slovanské kmene vydával do rúk Nemcom. Nakoniec ho potrestajú vlastní pohanskí krajania a zabijú ho. Hurban odhaľuje protirečivé stránky pohanstva a kresťanstva. Pri kresťanstve vyzdvihuje jeho humanistický základ, ale odsudzuje formy, akými sa šírilo. V pohanstve si cení jeho demokratizmus a radosť zo života.

Významnou oblasťou Hurbanovej činnosti je literárna a kultúrna história. Rozsiahlou štúdiou Slovensko a jeho život literárny (1846 – 1851) podal prehľad dejín slovenskej literatúry od najstarších čias až po štútovské obdobie. Zaujímala ho najmä národná myšlienka. Vysoko vyzdvihuje najmä Štúrovu školu, ktorú pokladá za najvyššie vývinové štádium slovenského národného ducha.
Nedokončený Životopis Ľudovíta Štúra (1881 – 1884) vychádzal v Slovenských pohľadoch. Hurban v ňom zobrazil životné osudy Ľ. Štúra a život ostatných štúrovcov v čase ich najväčšej aktivity.
Hurban si vo svojej próze nekládol vysoké ciele. Išlo mu hlavne o zaujatie postoja k aktuálnym otázkam. No i napriek tomu sa stal popri Kalinčiakovi najplodnejším štúrovským prozaikom.