Cousteau sa na lodi Dupleix vracia do Toulonu, kde pôsobí „na podvodnom poli". Okrem nakrúcania sa zúčastňuje na mnohých nebezpečných akciách. Napríklad prezlečený za talianskeho dôstojníka prekĺzne do etat-major Sete a odfotografuje tajné dokumenty. Na rozdiel od svojich početných kolegov vstúpi do odboja vedený antinemeckým cítením získaným v detstve. Zároveň ho nechajú vrhnúť sa na to, čo považujú za nevinnú zábavku: objavovanie podmorského sveta. Z toho obdobia pochádzajú aj dva krátkometrážne dokumenty - Hĺbka: 18 metrov (1942) a Vraky (1945). Aby mohol nakrútiť svoj prvý film, fotografický materiál zlepoval pod perinou: „Bol to šialený nápad, ale urobil by som čokoľvek, aby som sa mohol s divákmi podeliť o nadšenie, ktoré zažívam pod hladinou," zveri sa neskôr v jednom rozhovore.
Udalosť dementujúca Cousteauovu kariéru sa ale stala v roku 1943, keď mladý dôstojník námorníctva po prvýkrát otestoval potápačský prístroj zostrojený inžinierom Emilom Gagnanom. Keďže Gagnana vojna prinútila prerušiť dokončovacie práce na potápačskom prístroji a venovať sa iným, v tom čase pre vládu užitočnejším vynálezom, Cousteau, netrpezlivý oslobodiť sa od problémov s dýchaním pri potápaní, sa rozhodol aplikovať Gagnanovu mechaniku na fľaše naplnené stlačeným vzduchom. Samostatný skafander, bez vzduchovej hadice spájajúcej potápača s hladinou, načrtnutý pred vojnou Yvesom Le Pierom uzrel svetlo sveta. Či lepšie - modrú temnotu morských hlbín...
Cousteau je však dobrodruh nestačí mu pre spokojnosť sedieť pri pobreží a počúvať cengot peňazí, ktoré sa mu vďaka jeho vynálezu neúnavne kotúľali do bankových trezorov. Naopak - fascinovalo ho ticho. Ticho mora. A tak sa potápal. A hľadal vraky. Najskôr v rámci svojich povinností v maríne tie, ktoré sa potopili počas vojny, neskôr tie, ktoré boli už starožitnosťami. Z inžiniera- filmára sa stane navyše archeológ amatér. V roku 1947 Cousteau dosiahne hĺbku 100 metrov, čo je svetový rekord. V tom čase používa starú nemeckú loď prekrstenú na Ingénieur-Elie-Monnier a pracuje pre hydrografickú sekciu námorníctva v Toulone.
Oveľa viac ako hydrografia, ho ale láka oceánografia. Berie si ročnú dovolenku, aby sa mohol vrhnúť na hľadanie lode. Vďaka jednému anglickému lordovi, Sirovi Guinessovi, kúpi v roku 1950 starú britskú mínolovku, chátrajúcu na Malte. Jej meno je Calypso. Sú potrebné dva roky v antibských dokoch, aby sa z Calypsa stala oceánografická loď.