Pôsobenie v Nových Zámkoch
V roku 1797 sa oznámil súbeh na faru v Nových Zámkoch. Mesto patrilo k popredným farským miestam a medzi tridsiatimi šiestimi záujemcami sa nachádzalo i meno Antona Bernoláka. Odporúčajúci list napísal generálny vikár Jozef Vilt arcibiskupovi Jozefovi Bathányimu. Do nového úradu ho uviedli práve na základe tohto odporúčania 5.5.1797 a ešte v tom istom mesiaci ho menovali za vicearcidiakona novozámockého okresu. Až po odovzdaní úradu v trnavskom vikariáte prišiel do Nových Zámkov 1.6.1797. Ostrihomská cirkevná vrchnosť roku 1804 rozdelila veľký novozámocký okres na dve časti - dolný a horný. A. Bernolák sa stal dekanom dolného okresu.Vykonával i funkciu správcu hlavnej novozámockej mestskej školy.

V tomto období mali Nové Zámky vyše 5 300 obyvateľov z ktorých bola polovica Slovákov a Maďarov, ale veľa obyvateľov hovorilo po nemecky. Nakoľko ovládal všetky tri reči dokonale, mohol dobre uplatniť svoje schopnosti. Vo farnosti zaviedol prísny poriadok, dôkladne viedol nielen účtovné doklady ale aj všetky prípisy, ktoré sú poznačené jeho vlastnoručne písanými poznámkami. Rozposielal cirkevné a svetské obežníky, správy o kostoloch a mal na starosti i dekanský protokol. Zostavoval obyvateľstvu rozličné listy i listiny, zmluvy a potvrdenia. Veľa času mu zaberalo nielen vybavovanie úradnej agendy ale i povinnosti vyplývajúce z funkcie riaditeľa hlavnej novozámockej školy.V čase napoleonských vojen v r. 1779 - 1800 organizoval v celom dekanáte rôzne zbierky peňazí, obväzoch a iných vecí pre vojsko o čom viedol výkazy. Mal na starosti viac farností dolného novozámockého dištriktu, ktoré musel pravidelne navštevovať. O týchto viedol záznamy vo svojej intenčnej knižke v r. 1801-1806 a v r. 1808-1809. V jeho osobnom denníku sa našli i záznamy o častých cestách do Nitry, kde bol pobočný stánok Slovenského učeného tovaryšstva.

Popri týchto povinnostiach sa venoval i literárnej a jazykovednej práci. V čase pôsobenia v Nových Zámkoch napísal a vydal jednu slovenskú kázeň Na smrť mnohovelebného pána Sztocsko Jurka /Trnava, 1803/ a dve maďarské kázne : Halottas beszéd /Trnava, 1809/ a Be - iktató beszéd /Trnava, 1809/. Je autorom nikde nezaznačenej dosiaľ neznámej latinskej vítacej reči pod názvom: Allocutio, vytlačenej v Komárne v r. 1809 na štyroch kvartových stranách. Dlhoročná, vyčerpávajúca práca na poli literárnej a jazykovednej tvorby a nesmierne množstvo bežných úradných povinností mu postupne podlamovali sily.

Ku koncu jeho života mal nesmierne množstvo starostí a duševného utrpenia, ktoré mu spôsobovali neustále spory s mestom Nové Zámky i s jednotlivými obyvateľmi ako aj ťažkosti, ktoré na neho doľahli s vydržiavaním a podporou niekoľkých členov rodiny. Tieto vplývali na jeho zdravotný stav a nervové vypätie. V tom čase v predtuche svojej predčasnej smrti spísal testament 9. decembra 1809. Jeho knižnica bola nájdená na povale novozámockého farského kostola. Počet Bernolákových kníh je v inventári z roku 1813 udaný 270 pozíciami, čo naznačuje počet titulov. Diel bolo viac.Pravdepodobne pri požiari Nových Zámkov v roku 1810, ktorý značne poškodil kostol i faru, preriedil aj Bernolákovu knižnicu. Po jeho smrti je možné, že jeho knižnicu si rozobrala Bernolákova rodina ako aj záujemcovia.