Roku 1960 byl propuštěn z vězení a o tři roky později rehabilitován. Nemalou zásluhu na tom měli čeští reformní historici, a z nich hlavně Milan Hübl. Pro zajímavost: V 70.letech se mu Husák "odměnil" sedmiletým vězením. Jiní byli za jeho vlády "pouze" vyhozeni ze zaměstnání.

V 60.letech se stal Husák jednou z hlavních osobností reformního proudu. Za tzv. pražského jara vystupoval jako věrný stoupenec A. Dubčeka, a v dubnu 1968 se stal místopředsedou vlády. Byl jedním z předních iniciátorů ústavního zákona o federativním uspořádání republiky. Avšak už dva měsíce před přijetím tohoto zákona provedl jeden z mnoha svých politických obratů.

Na moskevských jednáních v srpnu 1968 poznal Brežněv, že Husák by se mohl stát politikem, který zachrání ztracenou reputaci SSSR a zajistí splnění cíle agrese do Československa. V dubnu 1969 se Husák dostal do čela KSČ (do května 1971 první tajemník, od května l971 do prosince 1987 generální tajemník ÚV KSČ). V květnu 1975 se tento bývalý bojovník za rozdělení nejvyšší stranické a státní funkce stal - se sovětským souhlasem - prezidentem republiky. Obklopen smečkou neschopných vynakládal veškeré své úsilí, aby co nejdéle zůstal prvním z aparátčíků. Podřizoval se všemu absurdnímu, co si přála Moskva. V zájmu uchování moci zradil mnoho přátel a spojil se s lidmi typu Jakeše, Indry, Kapka, Bilaka aj., tedy s těmi, o jejichž kvalitách nemohl mít nejmenší iluze.

Po 17.listopadu 1989 mu nezbylo nic jiného, než aby 10. prosince abdikoval z funkce prezidenta republiky.