Rokovania boli prerušené, Tiso sa vrátil do Bratislavy s tým, že najskôr sa musia zjednotiť Slováci, až potom môžu niečo žiadať.
Dňa 30. septembra 1938 sa ČSR vláda podrobila mníchovskému diktátu, čím stratila skoro 1/3 svojho územia. Ľud v ČSR bol pobúrení a žiadal demisiu Beneša, volajúc v uliciach: ”Tak kde je ten pán, co měl plán!”. Dňa 5. októbra 1938 sa Beneš naozaj vzdal svojho úradu.
V októbri 1938 zvolal Tiso do Žiliny členov Výkonného výboru HSĽS, kde prišli aj predstavitelia ostatných dôležitých politických strán na Slovensku a spoločne podpísali ”Vyhlásenie”, v ktorom žiadajú autonómiu. Vláda gen. Syrového, ktorá zastávala aj funkciu prezidenta, oznámila 8. októbra 1938 zriadenie autonómnej vlády Slovenska, ktorej predsedom sa stal dr. Jozef Tiso. O deň neskôr musel Tiso rokovať s Kányom v Komárne o územných požiadavkách Maďarska na Slovensku, ktoré boli premrštené. Rokovania sa skončili bezúspešne a Maďari sa obrátili na signatárov Mníchovskej dohody, aby rozhodli. Tiso sa snažil získať diplomatickú pomoc doma aj v zahraničí. 2. novembra 1938 Hitler a Mussoliny rozhodli, že 10 390 km2 Slovenska pripadne Maďarsku. V novembri 1938 sa 6 českých politických strán na Slovensku zlúčilo s HSĽS, ktorá na prejav tohto rozšírenia rozšírila aj svoj názov - ”Hlinková slovenská ľudová strana - Strana slovenskej národnej jednoty” (HSĽS-SSNJ). V decembri sa k SSNJ pridala aj SNS. V roku 1938 sa potom už len stupňovalo napätie medzi Nemeckom a ČSR. Rok 1939 sa začal vyhrotením vzťahov medzi Čechmi a Slovákmi. Toto vyhrotenie vyvrcholilo 8. marca 1939, keď bola vláda na Slovensku prevzatá českými generálmi a slovenská autonómna vláda zbavená legitímnosti. O 3 dni neskôr prezident Hácha vymenoval novú autonómnu vládu na čele s K. Sidorom. Tisu skontaktovali Hitlerovi agenti a ponúkli mu vojenskú pomoc na ochranu autonómie. Tiso s poďakovaním odmietol. 13. marca 1939 dostal Tiso od Hitlera pozvánku do Berlína. Tiso, po súhlase predsedníctva HSĽS, do Berlína išiel. Tu mu Hitler predostrel svoje požiadavky a žiadal od neho aby vyhlásil samostatnosť Slovenska, inak Slovensko padne spolu s Čechami. Tiso vyhlásil, že takéto rozhodnutie môže urobiť len slovenský snem. Hitler mu ukázal telegram, v ktorom stálo, že maďarské vojská sa koncentrujú na južných hraniciach Slovenska. Tiso stále trval na zvolaní slovenského snemu, ktorý musí rozhodnúť. Nakoniec svoju požiadavku presadil a odletel do Bratislavy.
V Bratislave sa konalo mimoriadne zasadnutie slovenského snemu. Program bol nasledovný: Dr. Karol Sidor podal demisiu, ktorú snem prijal. Hneď nato referoval Tiso o svojom rozhovore s Hitlerom.