V auguste 1918 odišiel Štefánik na tento najťažší úsek česko-slovenského odboja. Bol poverený zmobilizovať légie, spojiť sa s protisovietskymi ruskými jednotkami a prakticky obnoviť východný front. Štefánik po príchode do Ruska zistil, že tento cieľ nie je reálny. Keď sa mezitým skončila vojna a vzniklo samostatné Česko-Slovensko, legionári považovali svoju úlohu za splnenú a odmietali zasahovať do vnútorných záležitostí Ruska. V januári 1919 odcestoval Štefánik z Ruska a už v polovici marca dohodol s predstaviteľmi Dohody stiahnutie a postupný odsun česko-slovenského vojska zo Sibíri. Boli to jeho posledné diplomatické práce.
4. mája 1919 nasadol francúzsky generál M. R. Štefánik, spolu s ďaľšími dvoma talianskymi dôstojníkmi, na vojenskom letisku pri Padove do lietadla, aby sa vrátil na rodné Slovensko. Lietadlo sa zrútilo neďaleko Ivánky pri Dunaji. V jeho troskách zahynul M. R. Štefánik. .