Narodil sa 10. júla 1509 v Noyone vo Francúzsku. Mal sa stať kňazom, ale v Paríži sa venoval predovšetkým právnickým štúdiám. Po roku 1530 sa zoznámil s reformátorským učením Luthera a Zwingliho. V tomto období došlo k jeho „obráteniu.” Svoje obrátenie opisuje v Predmluve k žalmom (1557), kde píše:
„Spočiatku som bol taký odhodlaný k pápežskej paviere, že pre mňa nebolo ľahké dostať sa z nej. Ale náhlym obrátením Boh primäl moje srdce, ktoré vekom už príliš stvrdlo k poslušnosti. Až keď som týmto spôsobom ochutnal pravú zbožnosť, vzplanul som takou horlivosťou v nej pokračovať, že som iné štúdia síce neodsunul, ale som sa im nevenoval takou energiou. Neuplynul ani rok a tu ku mne, nováčikovi a začiatočníkovi, začali prichádzať ľudia túžiaci po čistom učení.” Jeho hlavné dielo je institutio religionis christianae (učenie kresťanského náboženstva).
Ján Kalvín sa na svojej ceste v roku 1536 zastavil v Ženeve a tam ho Viliam Farel povolal k tomu, aby reformoval. Najprv napísal Princípy cirkevnej organizácie. Po krátkom pôsobení ho spolu s Farelom ho pre jeho mimoriadne prísne taktiky vykázali z mesta, no už v roku 1538 ho povolali späť.
Kalvín chcel dosiahnuť, aby kresťanská idea prenikla do celého ľudského života a aby sa kontrole Cirkvi podrobovala aj vrchnosť. Cirkevná obec sa mala naopak, oslobodiť od poručníctva štátu. Kalvín bol zástancom prísnych morálnych zásad (zakázal tanec, hazardné hry) a jeho učenie sa riadilo predstavou, že vonkajšie bohatstvo človeka na zemi rozhoduje o jeho večnej spáse po smrti. Pozemský blahobyt je súdený len ľuďom Bohom vyvoleným. Keď sa vrátil tiež zriadil konzistórium - cirkevný mravný súd, ktorý prísne dozeral na dodržiavanie mravných zásad. Kto ich porušil alebo vystupoval proti kalvinizmu bolo tvrdo trestaný alebo dokonca aj zabitý. O tom svedčí aj to, že bolo vynesených 56 rozsudkov smrti a 78 vyhnaní. Známy je hlavne upálenie Miguela Serveta ako kacíra za čo bol Kalvín kritizovaný. V roku 1559 bola založená ženevská teologická akadémia, ktorej absolventi šírili reformovanú vieru do celej Európy.
Kalvín zomrel v Ženeve 27. mája 1564. Na jeho želanie mu nepostavili náhrobný kameň, napriek tomu, že celý život strávil hlásaním viery. Bol veľmi úspešný ako neúnavný kazateľ, učiteľ, vychovávateľ, organizátor cirkevného života a politik.