Pápež mal chatrné zdravie a dlho nevydržal kráľovo šikanovanie. Zomrel pomerne mladý
18. mája 526. Hoci ho priamo nezabili, pre okolnosti jeho smrti ho ľud uctieval ako mučeníka.
Pápež Ján I. bol pochovaný najprv v Ravenne, ale po štyroch rokoch previezli jeho pozostatky do Ríma, kde ich uložili v chráme sv. Petra.
Sv. Ján I. bol pomerne krátko pápežom, preto nemohol rozvinúť nijakú rozsiahlejšiu činnosť. Popri pastoračnej práci sa staral predovšetkým o významné cirkevné pamiatky: dal obnoviť hlavné rímske baziliky a dva starokresťanské cintoríny. Jemu vďačíme aj za uvedenie kresťanského letopočtu, to znamená za datovanie historických udalostí podľa roku Kristovho narodenia. .