Valné zhromaždenie Francúzskej astronomickej spoločnosti mu udelilo Janssenovu cenu. To však jeho pozíciu v Meudonskej hvezdárni nezlepšilo. Opäť sa jeho choroba zhoršila a musel ísť na liečenie do kúpeľného mestečka pod Mont Blancom- do Chamonix. Koniec roka 1907 trávil v Košariskách. Vianoce však neboli šťastné, z Paríža prišiel telegram že Jules Janssen zomrel.
Milan v toto období vážne uvažoval o manželstve s Máriou Neumannovou, ktorá naňho naliehala, aby sa stal profesorom astronómie na Pražskej univerzite. Ale on nikdy netúžil stať sa profesorom. Chcel byť pozorovateľom hviezd.

Posledné tri výstupy na Mont Blanc
Od júla do augusta 1907 vystúpil tri razy na Mont Blanc. Na prvej výprave zistil, že puklina pod observatóriom ho nakláňa na taliansku stranu. Stav hvezdárne, ktorú postavil Janssen, bol beznádejný. Napriek tomu Štefánik observatórium opravil, zásobil potravinami, palivom, spísal inventár prístrojov, nástrojov a zásob.
Šiesty, posledný výstup podnikol preto, aby rozmontoval ďalekohľad a meteorograf. Tým bol osud observatória spečatený.

Cesta do severnej Afriky
Štefánik spolu s priateľom Emilom Shaerom sníval o vybudovaní spoločnej hvezdárne, kde by mohli „ spolupracovať v prospech vedy a pre čistú radosť“.
S cieľom nájsť miesto pre novú hvezdáreň odišiel Štefánik do severnej Afriky. Z lode vystúpil 8. apríla 1909 v Alžírsku. Prešiel cez horský masív Atlas, precestoval Tunisko a zastavil sa v Kartágu. Návratom z Afriky sa jeho cesta za hvezdárňou neskončila. Váhal medzi Marokom a niektorým ostrovom v Polynézii.

Pobyt na Tahiti
Začiatkom roku 1910 ho vedecký ústav Bureau des Longitudes poveril pozorovaním Halleyho kométy na Tahiti. Narazil však na finančné problémy, lebo cestu si musel financovať sám. Snažil sa získať francúzske štátne občianstvo, ktoré by mu zaručilo finančnú podporu. Dostal však len povolenie na pobyt. Na Tahiti sa však vybral. Strávil tam 10 mesiacov a určite patrili k najpokojnejším a najšťastnejším v jeho živote. No i tu horúčkovito pracoval. Zakladal meteorologické stanice a robil meteorologické pozorovania. Mal však smolu, lebo práve 18. mája, v deň prechodu kométy popri Slnku, sa nebo zatiahlo.

Koniec vedeckej kariéry
Štefánikovo meno však opäť zažiarilo po pozorovaní úplného zatmenia Slnka na ostrove Vavau 28. apríla 1911. napriek slabšiemu technickému vybaveniu mal zo všetkých výprav najlepšie výsledky. Napriek úspechu sa vedecká kariéra 31- ročného Štefánika chýlila ku koncu.
25. augusta 1912 nastúpil v Bordeaux na loď do Brazílie, kde mal 10. októbra pozorovať zatmenie Slnka. Nevydarilo sa pre nepriazeň počasia. Vo vtedajšej astronómii to bola bežná udalosť, ale pre Štefánika to znamenalo viac ako obyčajnú smolu. Na to, aby sa vo svojom ťažkom položení presadil, potreboval výsledky a úspech. Preto nevydarené pozorovanie označil za ťažkú ranu.