Postupne zaniklo nezávisle súdnictvo, hlavným orgánom justície sa stala prokuratúra, a to aj napriek tomu, že nová ústava proklamovala vytvorenie ľudovej demokracie, v skutočnosti nastúpila komunistická diktatúra. Ostatné orgány boli degradované na vykonávateľov rozhodnutí najvyšších orgánov komunistickej strany. Po abdikácii prezidenta Eduarda Beneša - 14.6. 1948 bol zvolený za prezidenta ČSR. Mal podstatný podiel na budovaní „totalitného štátu“ v ČSR. Jeho články a prejavy boli vydané v diele Spisy Klementa Gottwalda (1951 – 1961, celkovo 15 zväzkov, v češtine aj slovenčine). .