Veľmi skoro sa však presvedčil, že tomu tak nie je a jeho radosť opadla. Aj keď ešte 14. marca 1939 vyzýval slovenský národ k spolužitiu s českým, bolo už neskoro. Zakrátko na to zachvátila svet vojna. J. G. Tajovský veľmi túžil po mieri, ale konca vojny sa nedožil. Zomrel 20. mája 1940 a je pochovaný v rodnom Tajove. .