Na Slovensko sa mohol vrátiť prvý raz až po 22 rokoch roku 1968 a potom až po doznievaní "normalizácie", v druhej polovici osemdesiatych rokov.

Kardinál J. Tomko je autorom viacerých knižných prác a to aj cudzojazyčných. Spomeňme aspoň niektoré: Miešané manželstvá, Kresťan a svet, potom v troch vydaniach Kristus včera i dnes, ďalej Význam sv. Cyrila a Metoda v slovenskom katolicizme a v slovenských dejinách, Na misijných cestách a ďalšie. Čestný doktorát mu udelila univerzita Hammond v USA, Fu-jen na Tchaj-wane, Katolícka teologická akadémia vo Varšave, Univerzita Komenského v Bratislave a Seminár sv. Vincenta v Latrobe (USA). Prezident SR mu udelil ako prvému najvyššie štátne vyznamenanie - Rad Bieleho dvojkríža 1. stupňa.

Napriek jeho celosvetovej orientácii Slovensko bolo a zostalo vždy záležitosťou jeho srdca. Do svojho biskupského znaku zakomponoval aj znak Slovenska. Zaslúžil sa veľkou mierou o vybudovanie Slovenského ústavu sv. Cyrila a Metoda v Ríme. Svoje hlboké národné cítenie vyjadril aj vo svojom prejave na zasadaní Slovenskej národnej rady 1991. Apeloval na jej členov a ich "vznešené poslanie" definoval ako úsilie o "mravnú obnovu národa", do ktorej zahrnul úsilie "obnoviť základné črty našej slovenskej povahy.. - srdečný ľudský vzťah..., - ľudskosť" a - "náboženské presvedčenie", ktoré je "dôležitou zložkou človeka, jedinca, rodiny a národa".