Jeho cieľom teraz boli mestá ako Alexandria alebo Káhira. Pri postupe k nim mu v ceste stála len jedna väčšia prekážka a to el Alamein.Správa o dobytí Tobruku zastihla britského ministerského predsedu v Amerike a po návrate domov čelil vôbec najväčšej kritike, no svoju pozíciu si dokázal obhájiť. V Egypte bol vyhlásený stav ohrozenia a pálili sa dokumenty a archívy, čakalo sa na možný prienik DAK až ku Alexandrii.Rommel súpera nesklamal a 1. júla 1942 vydal rozkaz k útoku na britské obranné postavenia v el Alameine, hoci mal k dispozícii len 80 tankov (z toho 30 talianskych) a totálne vyčerpané jednotky. Táto ofenzíva od začiatku neprebiehala pre Nemcov dobre. Už po dvoch dňoch bol Rommel nútený stiahnuť sa s 30 tankami a celý útok zastaviť. Nasledujúce tri týždne sa celá britská 8. armáda snažila DAK zničiť no neúspešne, pričom sama utrpela veľké straty. Nedostatočná razancia spojencov stála generála Auchinlecka post a na jeho miesto sa dostal generál Alexander. Veliteľom 8. armády sa stal generál Montgomery, prezývaný „Monty“. Rommel mal teraz čas na regeneráciu a dorazili mu malé posily. Samozrejme naplánoval nový útok s asi 400 nemeckými a talianskymi tankami.

Nemecký kód enigma bol však rozlúštený a tak Rommel nemohol využiť jeho najväčšiu zbraň – moment prekvapenia. Táto bitka známa ako bitka pri Alam Halfe skončila víťazne pre Britov ktorí donútili DAK opäť stiahnuť sa do pôvodných pozícií. Dôvody prehry vystihol presne vystihol taliansky minister zahraničia Ciano : „Veľké rozmnoženie anglo-amerických prostriedkov, kvantitatívne i kvalitatívne, prevaha spojeneckého letectva, nedostatočné zásobovanie obecne a pohonnými látkami zvlášť.“Vyčerpaný a chorý Rommel odišiel na liečebný pobyt do Nemecka. Nasledovalo obdobie príprav na poslednú bitku na oboch stranách. Nemci však na rozdiel od Britov nedostávali potrebné zásoby, pretože spojenci už kontrolovali Stredozemné more a nenechávali prekĺznuť zásobovacie lode Osi.Už 23. októbra 1942 bol DAK nútený čeliť delostreleckej paľbe a hlavnému tankovému útoku. Pomer spojeneckých a nemeckých tankov bol asi 6:1. Rommel sa okamžite vrátil z Európy no až dva dni po záhajení poslednej bitky o el Alamein. Situáciu už nebol schopný vrátiť a tak začal ustupovať. To sa samozrejme nepáčilo Hitlerovi a ten poslal Rommelovi telegram: „Svojím vojskám nemôžete ukázať inú cestu, len cestu k víťazstvu alebo smrti.“ Rommel paradoxne zaútočil a na chvíľu zastavil začatý postup. No britský nápor sa nedal zastaviť na dlho a tak nehladiac na Hitlerove príkazy stále ustupoval.

Nebol to však bezhlavý útek. Rommelovi vojaci bojovali o každý kus zeme a za sebou nechávali fingované ale aj pravé mínové polia-tzv. „diablove záhradky“. Tie spôsobili Britom nemalé straty a spomalili ich postup. Briti však mali dostatočné zálohy narozdiel od Nemcov a konečný stav sa vyšplhal asi na 20-násobnú prevahu. Rommelov DAK ustúpil o tisíce kilometrov na západ, vyčistil Tobruk, Dernu a Benghází. Zastavil sa až na Márethskej línii v južnom Tunisku. Medzitým sa mu však 7. a 8. novembra 1942 vylodili za chrbtom Američania. Tí pod vedením generála Eisenhowera prešli cez Maroko a Alžírsko. Situácia nemeckých jednotiek sa zdala byť beznádejná. Rommel musel za každú cenu udržať oporné body v Tunisku inak by sa dostal medzi dve spojenecké armády. 11. decembra pristáli v Tunisku nemecké jednotky a DAK upevnil svoje pozície v Tunisku a dokonca uskutočnili niekoľko útokov ale bez výsledku. Rommel loboval u Hitlera aby mohol stiahnúť zvyšnú techinku a vojakov pre boje do Európy ale Hitler o tom nechel ani počuť a Rommela vyhodil.

Tomu neostalo nič iné iba bojovať so spojencami v Tunisku. Avšak novým jednotkám a časti Rommelových vojakov teraz velil genrál Arnim. Nejednotnosť velenia a neochota oboch generálov dohodnúť sa znižovala nemecké šance na úspech. DAK zahájil 14.2.1943 ofenzívu na americké vojsko. Rommelove tanky spočiatku spôsobovali Američanom značné problémy-jeden zbor dokonca stratil 4000 mužov a 165 tankov a obrnených vozidiel. No neskôr sa materiálna prevaha prejavila a 22.2.1943 bol celý útok zastavený. Zúfalý Rommel sa pokúšil zaútočiť ešte na britskú 8. armádu 6. marca 1943. Briti informovaný pomocou Ultry sa dostatočne pripravili. Hneď v prvý deň bitky stratil DAK 50 tankov. Rommel bol definitívne 9.3.1943 odvolaný z Afriky späť do Európy. Boje sa pretiahli až do mája. 13.5.1943 kapitulovala posledná nemecká jednotka a spojenci sa definitívne stali pánmi severnej Afriky.Rommelove veliteľské schopnosti využili v severnom Taliansku kde sa stal 15.7.1943 veliteľom skupiny armád B. Tá zahŕňala asi 24 pechotných a 5 tankových divízií – dokopy 330 000 mužov.

Do kontaktu s nepriateľom sa tu vôbec nedostal a tak väčšinu času strávil riešením problémov s vyčíňaním jednotiek SS. Tie síce spadali v bojových operáciách pod Wehrmacht, no z hľadiska disciplíny si boli pánom. Ich surové chovanie sa k talianskym civilistom však rozčulovalo Rommela. Jeho námietky boli na najvyšších politických miestach ignorované, údajne sa kvôli tomu dostal do sporu s Heinrichom Himmlerom. Napriek tomu že jednotky SS neboli také populárne, vynikali v boji, najmä vďaka špičkovej technike a elitným vojakom. 5.11.1943 dostal Rommel za úlohu preveriť stav Atlantického valu, ktorý Nemci budovali už od roku 1941. Bola to veľmi tažká úloha pretože Nemci vedeli že k dôjde k vylodeniu ale nevedeli kde a kedy. Rommel teda začal sériu inšpekčných ciest po celej dĺžke opevnení a z toho čo objavil bol dosť prekvapený a zdesený. Na niektorých miestach slávny val ani neexistoval. Obrovské úseky pláží boli zabezpečené len niekoľkými mínami a ostnatým drôtom. Po inšpekcii sa teda pustil do práce s obrovským nasadením. Presadzoval názor že invázne vojská musia byť odrazené ešte na pláži, kde budú najzraniteľnejšie. Na vyloďovacie člny čakali podmorské prekážky a samozrejme najrôznejšie míny.

Mal v pláne položiť 50 až 100 miliónov mín, no čas hral proti nemu a tak bolo na plážach a vo vode položených asi päť miliónov mín. Nad plážami a za nimi boli stavané početné guľometné hniezda, betónové opevnenia, 81 milimetrové mínomety a veľké 88 milimetrové delá. Jeho „zónu smrti“ ešte dopĺňali prekážky z ostnatého drôtu a taktiež „Rommelove špargle“ – tyče zarazené do zeme v nerovnomerných odstupoch, ktoré mali znemožniť pristávanie nákladným klzákom. Pre tieto opatrenia si od svojich vojakov vyslúžil označenie „najvýznamnejší ženista svetovej vojny“. Rozkázal aj aby bol zakopaný každý vojak, kuchár, úradník a šofér.Nemci však nemali vypracovanú žiadnu stratégiu obrany valu v prípade invázie. Rozdielne názory tu existovali najmä vo využití obrnených divízií. Rommel mal vo svojom pláne nechať tieto divízie v blízkosti pláží aby mohli na spojencov okamžite zaútočiť. Avšak jeho priamy nadriadený poľný maršál von Runstedt, vrchný velieľ armád Západ, bol toho názoru že obrnené jednotky by mali zostať ďalej od pláží v rezerve ako poistka v prípade že by sa spojencov nepodarilo zastaviť na pláži.

Hitler vyriešil túto situáciu najhoršie ako mohol – časť jednotiek ostala na pláži a časť roztrúsil do vnútrozemia, čím celkovo znížil ich silu. Göring sa samozrejme zaručil že jeho Luftwaffe bude tieto jednotky na presune kryť.4. júna 1944 nemecká meteorologická stanica vyhlásila že zlá poveternostná situácia neumožňuje spojencom žiadnu inváziu v najbližších dvoch týždňoch. Tak Rommel odišiel k rodine do Nemecka a ani von Runstedt s útokom nepočítal. 6. júna však nakoniec došlo k úspešnej invázii spojencov v Normandii. Na nemeckom velení nastal obrovský chaos. Von Runstedt požadoval uvoľnenie rezerv no Hitler ich odmietol uvoľniť s tým, že invázia je iba krycí manéver pre skutočné vylodenie v calaiskej úžine. Rommel sa musel okamžite vrátiť z Nemecka a už po druhý raz nebol tam kde mal byť. Už len konštatoval že vojna je prehratá a nemeckej armáde hrozí veľké nebezpečenstvo, pretože do konca týždňa mali spojenci v Normandii 600 000 mužov. 17. júna 1944 sa konala v Soissons porada na ktorej sa Hitler vyjadril že treba bojovať a neustupovať, pritom už Nemci stratili v Normandii pol milióna mužov. Na porade v Berchtesgadene 29. júna sa Rommel opäť pokúsil vysvetliť Hitlerovi že je nemožné klásť dlhodobý odpor no Hitler ho vykázal z miestnosti.

Po tomto si už bol Rommel definitívne istý že ospevovaný vodca vedie Nemecko do záhuby.Rommel sa snažil zachrániť Nemecko a plánoval aj využiť svojej vážnosti u spojencov a uzavrieť prímerie. Chcel takisto zatknúť Hitlera a súdiť ho na občianskom súde. Dal sa dokopy s ostatnými spiklencami plánujúcimi zavraždenie Adolfa Hitlera. Avšak 17. júla zasiahla jeho auto na ceste do svojho hlavného stanu v La Roche-Guyon spŕška guliek zo spojeneckého lietadla. Poľný maršál utrpel vážne poranenie lebky. Previezli ho do najbližšej nemocnice kde ho zachránil francúzsky lekár.Tri dni po Rommelovej nehode vyvrcholil v Nemecku puč proti Hitlerovi. 20. júla 1944 generál Claus von Stauffenberg prepašoval do Hitlerovho stanu „Vlčí brloh“ bombu. Tá po výbuchu zabila troch ľudí, no Hitlerovi sa v podstate nič nestalo. Rommel sa od oktébra 1944 zotavoval vo svojom dome v Herrlingene. 14. októbra prišli k nemu do domu dvaja generálovia – Burgdorf a Maisel.

Po rozhovore s nimi sa Rommel rozlúčil so svojou manželkou i svojim synom a svojim pobočníkom kapitánom Aldingerom. Tí sa ho snažili ešte prehovoriť aby nešiel ale iné východisko pre neho neexistovalo.Nastúpil teda do auta s oboma generálmi. Odviezli ho kúsok od domu kde mu podali jed a vystúpili. Viac než päť minút sa Rommel zvíjal v kŕčoch na zadnom sedadle než zomrel. Ešte v ten istý deň zavolali jeho rodinu do nemocnice kde ukázali jeho telo. Povedali im že zomrel na srdcovú príhodu. Rommelova osobnosť si určite zaslúži veľký obdiv. Nebol nakazený nacizmom, ľudsky zaobchádzal so zajatcami a vyslúžil si renomé gentlemana. So svojimi vojakmi naväzoval dobré vzťahy, snažil sa chrániť ich životy. Bol oddaný, skromný, energický a ľudský.Bol stále zameraný na víťazstvo, vedel geniálne využiť situáciu a moment prekvapenia.Na záver jedna veta ktorou ho vystihli jeho vlastní vojaci: „Rommel bol Afrikakorps. Afrikakorps bol Rommel.“