Zavŕšením básnického stvárnenia slovenských ľudových rozprávok a triptychovým uzavretím tejto tematiky je kniha Tiché papradie (1990). V knihe Dve osudové (1991) spojil svoje eseje Štyri epištoly k ľuďom z roku 1968 s básnickou skladbou Murárska balada, ktorá je zovšeobecnením konkrétnych osudov básnikovho rodu. Kniha je ilustrovaná výtvarnými dielami básnikovho liptovského spolurodáka Kolomana Sokola. Knihou lyrických miniatúr s poetologickým pozadím kresťanských modlitieb je zbierka Modlitbičky (1992), ktorá vyšla vo viacerých reedíciách, ako aj s rozšíreným obsahom pod názvom Nové modlitbičky (1994). Podobnú tematiku, no s motivickým zázemím dialógu dieťaťa a otca, má aj kniha Pamätníček Modlitby za dieťa (1995). Filozoficko–meditatívny charakter má básnická zbierka Neskorý autoportrét (1992), v ktorej básnik sumuje prežitú skutočnosť, rovnako ako zbierka Čítanie z údelu (1996). Nevinnosť ako prísľub vytúženej harmónie stíšeným hlasom oslavuje v osobnej básnickej spovedi Žalmy o nevinnej (1998).

Poézia M. Rúfusa vyšla v priebehu rokov vo viacerých výberoch (Triptych – 1969, Básne – 1972, 1975, A čo je báseň – 1978 a i). Je aj autorom kníh esejí Človek, čas a tvorba (1968), Štyri epištoly k ľuďom (1969) a O literatúre (1974), Epištoly staré a nové (1996). V prekladateľskej tvorbe sa venoval českej a ruskej poézii i dráme. Z nórčiny preložil dramatickú báseň H. Ibsena Peer Gynt (1966), zo španielčiny výber z poézie klasika kubánskej literatúry J. Martího (Znamenie života, 1988). Takisto prebásnil Knihy žalmov (1991) a Jeremiášov nárek (1998).