V roku 1838 sa 24-ročný Ľudovít zapísal na univerzitu do Halle, ktorú (podobne ako univerzitu v Jene a Berlíne) navštevovali evanjelickí vzdelanci a získavali tu vzdelanie najmä z teológie, filozofie, histórie a lingvistiky. Štúr sa počas dvojročného štúdia obšírnejšie oboznámil s Heglovou a s Herderovou filozofiou, ktorých koncepcia dejín ho sprevádzala v celom jeho filozoficko-historickom svetonázore. Dejiny chápal v ich zákonitostiach, ako sled dejov, nasledujúcich duchovný princíp. Po absolvovaní univerzitného štúdia sa v roku 1840 cestou do Uhorska stretol v Prahe a v Hradci Králové s mnohými českými národovcami. V Čechách navštívil aj P. J. Šafárika, ktorý ho upozornil na zostrenú politickú situáciu, ktorá v krajine panovala.

Návrat do Uhorska znamenal pre Štúra začiatok nového boja o udržanie národných práv. Radikálne zákroky uhorských úradníkov a policajtov boli namierené proti snahám zvyšovať vzdelanostnú a kultúrnu úroveň nemaďarských národov. Situáciu sťažovalo aj zvolenie grófa Karola Zaya za generálneho inšpektora evanjelickej cirkvi a. v., ktorý podporoval myšlienku jediného a jednotného národa v Uhorsku - maďarského národa. Zay Štúra osobne poznal a spočiatku prejavoval voči nemu sympatie, pretože si vážil jeho vzdelanosť a nadanie. Neúspešne písomne i ústne vyzýval Štúra k spolupráci pre maďarské záujmy, pretože v nich videl perspektívu pre budúcnosť krajiny.

Po príchode z Nemecka sa Štúr v prvom rade usiloval opäť získať miesto námestníka profesora Palkoviča na Katedre reči a literatúry česko-slovenskej. Nenárokoval si nijaký plat, iba úroky z nazbieraných peňazí na katedru, o ktoré sa mal ešte na polovicu deliť s prof. Palkovičom. Jeho žiadosť však narážala na prekážky, pretože Zay so svojimi prívržencami kalkulovali so zámerom, že po Palkovičovej smrti katedru definitívne zrušia. Vec sa dostala na zasadanie konventov a po dlhých prieťahoch začal Štúr ako suplent prof. Palkoviča prednášať.

Nepoľavujúci tlak na Slovákov zo strany maďarských predstaviteľov prinútil Štúra a slovenských národovcov žiadať ochranu u panovníka. V roku 1842 bola vyslaná do Viedne štvorčlenná deputácia so Slovenským prestolným prosbopisom. V Prosbopise prosili Slováci panovníka o ochranu pred perzekúciou, o možnosť uverejňovať obranné spisy slovenského národa, potvrdiť Katedru reči a literatúry česko-slovenskej na ev. lýceu v Bratislave a zriadiť podobné ustanovizne aj na iných lýceách v Uhorsku a pod. Vo Viedni sa však o osude Slovenského prestolného prosbopisu nerozhodlo, pretože dvor poslal slovenskú žiadosť do Budína na vyjadrenie k uhorskému palatínovi, ktorý všetky požiadavky Prosbopisu zamietol.

Začiatkom roka 1843 oboznámil Ľudovít svojich blízkych priateľov s myšlienkou spojiť katolícky aj evanjelický prúd Slovákov na báze jednotného spisovného jazyka. Za základ vybral stredoslovenské nárečie najmä pre jeho rozšírenosť, pôvodnosť a zrozumiteľnosť. Zjednotenie Slovákov sa malo uskutočniť prostredníctvom všeslovenského nadkonfesionálneho spolku Tatrín.