Pravda, rozmanitosť druhov sa na Galapágoch netýka len piniek, korytnačiek a leguánov, ale môžeme ju pozorovať aj u množstva mäkkýšov , morských vtákov a jašteričiek - ich populácie sú na každom ostrove iné a rozdiely sú jasne rozpoznateľné. Táto skutočnosť, poznamenal si Darwin do denníka, ,,ma napĺňa úžasom ".

Skutočné bádanie Darwina nastalo až po návrate domov. Ďalších šesť rokov sa v Londýne intenzívne zaoberal materiálom, ktorý získal na Galapágoch. Zaoberal sa aj šľachtiteľskými metódami chovu a zhromažďoval materiál pre svoju evolučnú teóriu. Všetko spájal aj s materiálom nazhromaždeným jeho predchodcami v oblasti biológie, porovnávacej anatómie, morfológie a fyziológie, ako aj geológie a paleontológie. Umožnila mu to svadba. Zobral si bohatú sesternicu Emmu Wedgwoodovú. S jej peniazmi a pochopením mohol postupne dospieť k objavom, ktoré zmenili svet.

Uvedomil si, že materiál z Galapág dokazuje, že svet sa vyvíja, že medzi dneškom a minulosťou je nejaké prepojenie. Druhy, ktoré žili kedysi, nemuseli zákonite vymrieť, ale mohli sa prispôsobiť zmeneným podmienkam.
Z jeho denníkov a korešpondencie vidno, že nebol radikál, ktorý by bádal s cieľom zraziť cirkev na kolená. Dobre si uvedomoval, že jeho objavy by neprijali s pochopením. Stále jasnejšie však dokázal formulovať svoje myšlienky: "Človek vo svojej arogancii si o sebe myslí, že je niečím výnimočným, dielom hodným božstva. Ja si skromne myslím, že stojí za úvahu, že vznikol zo zvierat."

V roku 1840 mal svoju teóriu takmer kompletnú. Rozhodol sa však, že ešte nie je vhodný čas na jej zverejnenie. Ateistov vtedy zatvárali. Evolučné názory sa považovali za hrozbu celej spoločnosti. Aj preto mu takmer uniklo prvenstvo pri formulovaní teórie evolúcie. Kým Darwin čakal, pracoval na nej aj mladý anglický prírodovedec Alfred Russel Wallace pôsobiaci vo východnej Indii , ktorý sa listom chválil práve Darwinovi. Ten sa rýchlo spamätal a v roku 1859 vychádza prelomové dielo O pôvode druhov prírodným výberom. Kniha, v ktorej Darwin uverejnil svoje poznatky o evolúcii vyšla v náklade 1250 kusov a rozpredala sa za jediný deň. Darwinovú teóriu verejnosť ostro kritizovala a napádala.

Ortodoxní veriaci zatracovali evolučnú teóriu ako ateizmus, lebo protirečila biblickému výkladu stvorenia sveta. Aj v menej ortodoxných kruhoch a u väčšiny vedcov však teória o pôvode človeka z nižších živočíšnych druhov a o jeho príbuznosti s opicou narazila na rozhodný odpor. Evolučnú teóriu začali nazývať „opičou teóriou“ a tiež si ju vysvetľovali po pojmom „človek pochádza z opice,“ čo Darwin ani ostatný evolucionisti nikdy netvrdili. V množstve karikatúr a verejných prednášok zosmiešňovali Darwina a jeho poznatky. Pritom si však vedci uvedomovali podobnosť medzi človekom a ostatnými živočíchmi, aspoň pokiaľ ide o stavbu tela. V pomerne krátkom čase sa stúpenci evolucionizmu začali presadzovať v celej Európe a vznikol nový smer- darvinizmus. Teória je na prvý pohľad jednoduchá: najlepšie prispôsobení jedinci prežívajú a môžu sa rozmnožiť. Z ich potomstva opäť prírodná selekcia vyberie tých najzdatnejších, až napokon dochádza k zmene druhu.

Ďalšie zásadné dielo vydal Darwin v roku 1871: O pôvode človeka. Presne ako očakával, vyvolalo vlnu kritiky. Tá vlastne pokračuje dodnes. Nejde len o cirkev, ktorej sa nepáči jeho teória vzniku človeka, ale aj vedcov. Kritizujú chyby, ktorých sa Darwin dopustil. Naše súčasné poznatky nám totiž hovoria, že nie všetky druhy sa vyvíjali postupne. Pri niektorých druhoch sa dodnes evolúcia nepotvrdila. Vidíme len skoky. Nik však nedokázal Darwinovu teóriu evolúcie jednoznačne vyvrátiť.

Najznámejší darvinisti boli K. Marx a F. Engels.
F. Engels vychádzal z Darwinových téz, rozvinul jeho myšlienky a rozvinul ich vo svojom nedokončenom diele Dialektika prírody. Darwinova teória, ktorú sa usiloval obhájiť vo svojom hlavnom diele a v ďalších spisoch, sa však postupne presadzovala a ovplyvnila nielen biológiu, ale aj humanitné, sociálne a národohospodárske vedy. Všetky vedecké procesy pod vplyvom Darwinových záverov sa vysvetľujú podľa princípu selekcie, teda ako procesy, v ktorých platí možnosť prežitia iba najsilnejšieho, najužitočnejšieho a najprispôsobivejšieho jedinca.

Darwin do konca života odmietal diskutovať o dosahoch svojich teórií. To urobili jeho obdivovatelia a pokračovatelia.Darwin tak zostáva bradatým vedcom, ktorý pokorne ohlásil, že všetko mohlo byť inak.

Zaujímavosti:
Dlhé roky si historici a životopisci Charlesa Darwina lámali hlavu nad tým, čo
inšpirovalo slávneho vedca k napísaniu jedného z najväčších diel 19. storočia - O pôvode druhov prírodným výberom (1859). Darwin sa vo svojom diele niekoľkokrát odvoláva na fakt, že pestrosť rastlín v experimentálnych záhonoch vedie k ich väčšej hojnosti. Princíp rôznorodosti - je základným stavebným kameňom Darwinovej evolučnej teórie. Tá sa opiera o tvrdenie, že prirodzený výber - proces, pri ktorom príroda necháva prežiť len tie najodolnejšie druhy, z času na čas spôsobuje objavenie sa nových druhov rastlín, rovnako aj živočíchov, ktoré sú odolnejšie ako ich konkurenti a postupne sa stanú dominantnými v danom
priestore. V prípade Darwinových odkazov bol tým priestorom spomínaný záhon.

Napriek tomu, že Darwin neustále vo svojom diele spomína experimenty s rastlinami, žiadne bližšie informácie o svojich pokusoch nepodáva. Až nedávno sa britským vedcom podarilo objaviť zdroj Darwinovej inšpirácie. Zistili, že začiatkom 19. storočia vykonával pokusy s rastlinkami záhradník vojvodu z Bedfordu - George Sinclair. Závery svojich pozorovaní zhrnul v knihe s názvom Hortus Gramineus Woburnensis, ktorej tretie, doplnené vydanie, uzrelo svetlo sveta v roku 1826 - o 33 rokov skôr ako Darwinovo slávne dielo. „Táto práca nás vracia späť k momentu zrodu spojenia medzi spoločenskou a ekosystémovou ekológiou“, keď ešte tieto odbory vôbec neexistovali.